Ilmavoimien tiedotteen mukaan Johannes Brotherus suoritti Ilmavoimien upseerikurssi 13:n vuosina 1941–1943. Joulukuusta 1943 heinäkuuhun 1944 hän palveli ohjaajana Hävittäjälentolaivue 24:ssä lentäen Brewster B-239 ja Messerschmitt Bf 109 G-2 -hävittäjillä. Brotherus saavutti kaksi vahvistettua ilmavoittoa Karjalan kannaksen yllä vuonna 1944.
Ilmavoimien mukaan Brotherus oli tiettävästi ensimmäinen suomalainen lentäjä, joka ampui alas Neuvostoliiton ilmavoimien Lend-Lease -avun puitteissa käyttöönsä saaman yhdysvaltalaisvalmisteisen Bell P-39 Airacobra -hävittäjän.
Johannes Brotherus vuonna 2011.
Kapteeni Johannes Brotherus oli Ilmavoimien mukaan viimeinen elossa ollut Hävittäjälentolaivue 24:ssä palvellut ohjaaja. Laivue saavutti talvi- ja jatkosodassa yhteensä 877 vahvistettua ilmavoittoa. Omat tappiot olivat 38 konetta ja 18 kaatunutta.
Ilmavoimien Hornetin ylilento tehdään noin 300 metrin korkeudessa. Lennolla on säävaraus.