Digitoday

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Julkaistu: , Päivitetty:

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.
MAINOS (TEKSTI JATKUU ALLA)
MAINOS PÄÄTTYY

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Heidi Selin suunnitteli supertähdille vaatteita – sitten elämä Yhdysvalloissa romahti hetkessä

    2. 2

      ”Ari” on kuin ilmetty menestyvä ura­tykki – oikeasti perä­kamarin poika elää eläkeläis­vanhempiensa rahoilla

    3. 3

      Laitilalaismies lähetti itselleen kirjeen tekaistulla ”postimerkillä” – Mainoslehtisestä leikattu pizzan kuva meni Postilta läpi

    4. 4

      41,6 miljoonan Eurojackpot-voitto meni naiselle

    5. 5

      Poliisi nappasi 13 etsintä­kuulutettua Helsingin Sörnäisissä

    6. 6

      Harvinainen haastattelu uutuuskirjassa: Mika Myllylän tytär kertoi rehellisesti äitinsä koettelemuksista – ”Sellaista julmuutta en pysty ymmärtämään”

    7. 7

      Baba Lybeck järkähtämättömänä uutuuskirjassa: ei usko avioliittoon – ”En voi luvata miehelleni, että olisimme aina yhdessä”

    8. 8

      Kommentti: Verstappenin rangaistus oli täysin ansaittu – kaksi asiaa Räikkösestä ja Ferrarista jäi kohutilanteen varjoon

    9. 9

      Verorahoilla jonojen ohi leikkaukseen jo nyt? Näin Laura Räty ohjaa jo täyttä vauhtia lääkäreitä lähettämään potilaansa yksityiselle puolelle hoitoon

    10. 10

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    2. 2

      Video: Kaikkien aikojen valtavin luonnonilmiö Suomessa – ”Kuin lähestyvän pikajunan kohina”

    3. 3

      Räikkösen ja Verstappenin kohutilanteesta iso meteli – nyt puhuu F1-kisatuomari Mika Salo: ”Ei ollut mitään epäilystä”

    4. 4

      Räikkönen nousi dramaattisesti palkintokorokkeelle! Hamilton voittoon – IS seurasi Yhdysvaltain GP:tä

    5. 5

      Jouni Hynynen koki hurjan muodonmuutoksen – ajoi päänsä kaljuksi: tunnistaisitko rokkaria?

    6. 6

      Työttömät kieltäytyivät työstä aina samalla selityksellä – teollisuuspohatan vastaveto saikin hakijan leuan loksahtamaan

    7. 7

      Mika Salo julkaisi harvinaisen videon F1-tuomarien huoneesta – tämä sinetöi Verstappenin kohtalon Räikköstä vastaan

    8. 8

      Verorahoilla jonojen ohi leikkaukseen jo nyt? Näin Laura Räty ohjaa jo täyttä vauhtia lääkäreitä lähettämään potilaansa yksityiselle puolelle hoitoon

    9. 9

      Max Verstappenilta kova syytös F1-tuomarille: ”Siellä on se yksi idiootti”

    10. 10

      Thaimaalaista Marisaa vietiin, kun Pattayan baarikadulla asteli vastaan suomalainen Mauri: ”Olen onnen nainen, kun sain hyvän miehen”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Työttömät kieltäytyivät työstä aina samalla selityksellä – teollisuuspohatan vastaveto saikin hakijan leuan loksahtamaan

    2. 2

      Dopingtuomion saaneen Therese Johaugin ulkoinen olemus on jotain aivan muuta kuin kaksi kuukautta sitten – katso kuvat

    3. 3

      Huomaatko erikoisen yksityiskohdan? 19-vuotiaan Lisan viaton bikinikuva kummastuttaa Instagramissa

    4. 4

      Leivinuunin ”lisälaite” yllätti pariskunnan – tunnelmallinen lauantai-ilta meni pilalle

    5. 5

      Thaimaalaista Marisaa vietiin, kun Pattayan baarikadulla asteli vastaan suomalainen Mauri: ”Olen onnen nainen, kun sain hyvän miehen”

    6. 6

      Tutut liikennemerkit muuttuvat sukupuolineutraaleiksi – katso kuvat!

    7. 7

      Näin päättyi Napakymppi-parin Ikaalisten matka – piikki auki, Ville jätti taksit maksamatta: ”Odotin, milloin pääsen pois”

    8. 8

      Lahdesta löytynyt vainaja edelleen tunnistamatta – poliisi julkaisi poikkeuksellisesti kuvan ruumiista

    9. 9

      Nuoren Emman netti-ihastus olikin kaljuuntuva, 53-vuotias kauppias – sen jälkeen tapahtui jotain käsittämätöntä

    10. 10

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Heidi Selin suunnitteli supertähdille vaatteita – sitten elämä Yhdysvalloissa romahti hetkessä

    2. 2

      ”Ari” on kuin ilmetty menestyvä ura­tykki – oikeasti perä­kamarin poika elää eläkeläis­vanhempiensa rahoilla

    3. 3

      Laitilalaismies lähetti itselleen kirjeen tekaistulla ”postimerkillä” – Mainoslehtisestä leikattu pizzan kuva meni Postilta läpi

    4. 4

      41,6 miljoonan Eurojackpot-voitto meni naiselle

    5. 5

      Poliisi nappasi 13 etsintä­kuulutettua Helsingin Sörnäisissä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    2. 2

      Video: Kaikkien aikojen valtavin luonnonilmiö Suomessa – ”Kuin lähestyvän pikajunan kohina”

    3. 3

      Räikkösen ja Verstappenin kohutilanteesta iso meteli – nyt puhuu F1-kisatuomari Mika Salo: ”Ei ollut mitään epäilystä”

    4. 4

      Räikkönen nousi dramaattisesti palkintokorokkeelle! Hamilton voittoon – IS seurasi Yhdysvaltain GP:tä

    5. 5

      Jouni Hynynen koki hurjan muodonmuutoksen – ajoi päänsä kaljuksi: tunnistaisitko rokkaria?

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Työttömät kieltäytyivät työstä aina samalla selityksellä – teollisuuspohatan vastaveto saikin hakijan leuan loksahtamaan

    2. 2

      Dopingtuomion saaneen Therese Johaugin ulkoinen olemus on jotain aivan muuta kuin kaksi kuukautta sitten – katso kuvat

    3. 3

      Huomaatko erikoisen yksityiskohdan? 19-vuotiaan Lisan viaton bikinikuva kummastuttaa Instagramissa

    4. 4

      Leivinuunin ”lisälaite” yllätti pariskunnan – tunnelmallinen lauantai-ilta meni pilalle

    5. 5

      Thaimaalaista Marisaa vietiin, kun Pattayan baarikadulla asteli vastaan suomalainen Mauri: ”Olen onnen nainen, kun sain hyvän miehen”

    6. Näytä lisää