Digitoday

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Julkaistu: , Päivitetty:

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.
MAINOS (TEKSTI JATKUU ALLA)
MAINOS PÄÄTTYY

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Katso, kuinka monella suomalaisella on sama sukunimi kuin sinulla

    2. 2

      Nämä ammattilaiset revitään nyt käsistä – katso oman alueesi tilanne

    3. 3

      Katso kartta: Lapin meteoriitti putosi Vätsärin erämaahan – jopa kymmeniä kiloja kappaleita maastossa

    4. 4

      Entinen NHL-kiekkoilija elää muistinsa menettäneenä kadulla – isän viestit kertovat karusta kohtalosta: ”Hän puhuu itsemurhasta”

    5. 5

      Kituutatko itsesi lihavaksi? 5 tehokasta tapaa aktivoida aineenvaihduntaa

    6. 6

      Aikuista miestä ei tuomittu 10-vuotiaan raiskauksesta, koska tytön ei katsottu vastustelleen – rikosoikeuden professori kritisoi

    7. 7

      ”Bosnian teurastaja” Mladicille elinkautinen kansanmurhasta

    8. 8

      8 kuukautta Pohjois-Korean vankina ollut amerikkalaismies paloi kuoliaaksi epäselvissä olosuhteissa

    9. 9

      Ei tuomiota raiskauksesta, sillä 10-vuotiaan uhrin ei katsottu vastustelleen – lakialoitteen tehnyt kansanedustaja tyrmistyi

    10. 10

      Jari Sarasvuo Huomenta Suomessa: edessä suuri leikkaus – leuka halkaistaan kahtia ensi viikolla: ”Kyllä se pelottaa”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Kuvassa näkyvän pysähtyneen henkilöauton kuljettaja, soita heti poliisille

    2. 2

      Seitsemän loukkaantunut vakavassa liikenneonnettomuudessa Vantaalla

    3. 3

      Puhutko ”tätikieltä”? Vastaa 16 kysymykseen ja testaa, mitä sanavarastosi paljastaa iästäsi

    4. 4

      Hyväksikäyttöä ja aliravitsemusta: Loikkari kertoo naissotilaiden kokemista kauhuista Pohjois-Korean armeijassa

    5. 5

      Erika Vikman julkaisi hupaisan kuvan – kuittailee Dannylle: ”Sorry Lipsanen”

    6. 6

      6 mekkoa, joihin ei kannata pukeutua oikeassa elämässä mihinkään tilaisuuteen

    7. 7

      2 pitkää avioliittoa sai järkyttävän lopun peräkkäisinä päivinä: ”Anni ei varmasti sanonut mitään minulle pahasti”

    8. 8

      Syyte 10-vuotiaan tytön raiskauksesta hylättiin hovioikeudessa – uhrin vastustelusta ei ollut näyttöä

    9. 9

      Iso myräkkä tulossa: lunta jopa 30 senttiä

    10. 10

      Kansanedustaja Antti Lindtman, 35, ja Kaija Stormbom, 54, saivat vauvan – tyttö tuli!

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Rouvan alaston yövieras tuli isäntää vastaan kotipihalla – se letkautus naulautui taksikuskin mieleen pysyvästi

    2. 2

      Raskasta joulua -konsertti osoittautui raskaaksi pettymykseksi Oulussa – kuulijat raivoissaan: ”Nyt on rahastuksen makua!”

    3. 3

      Yleisö häkeltyi: Sihteeri Katja kertoi seksielämästään tv-ruudussa – paukautti totuuden Napakympissä

    4. 4

      Kuvassa näkyvän pysähtyneen henkilöauton kuljettaja, soita heti poliisille

    5. 5

      Kahden viikon päästä ei enää selviä sakoilla – huolimatonta autoilijaa uhkaa vähintään tonnin lisävero

    6. 6

      Frederik palasi matkoilta kotiin ja purskahti itkuun – avovaimo oli pakannut tavaransa ja lähtenyt

    7. 7

      10 asiaa, jotka tapahtuvat, kun lakkaat syömästä leipää

    8. 8

      Juho muutti Puolaan töihin palvelemaan suomalaisia – ”Muistan yllättyneeni katsoessani ensimmäistä palkkakuittia”

    9. 9

      Lentokone lähti rajuun nousuun kesken laskeutumisen Helsinki-Vantaalle – matkustajat hämmästyivät

    10. 10

      Nuoren naisen pyörätuoli horjahti bussin ovella kohtalokkain seurauksin – kuskin reaktio tyrmistytti

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Katso, kuinka monella suomalaisella on sama sukunimi kuin sinulla

    2. 2

      Nämä ammattilaiset revitään nyt käsistä – katso oman alueesi tilanne

    3. 3

      Katso kartta: Lapin meteoriitti putosi Vätsärin erämaahan – jopa kymmeniä kiloja kappaleita maastossa

    4. 4

      Entinen NHL-kiekkoilija elää muistinsa menettäneenä kadulla – isän viestit kertovat karusta kohtalosta: ”Hän puhuu itsemurhasta”

    5. 5

      Kituutatko itsesi lihavaksi? 5 tehokasta tapaa aktivoida aineenvaihduntaa

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Kuvassa näkyvän pysähtyneen henkilöauton kuljettaja, soita heti poliisille

    2. 2

      Seitsemän loukkaantunut vakavassa liikenneonnettomuudessa Vantaalla

    3. 3

      Puhutko ”tätikieltä”? Vastaa 16 kysymykseen ja testaa, mitä sanavarastosi paljastaa iästäsi

    4. 4

      Hyväksikäyttöä ja aliravitsemusta: Loikkari kertoo naissotilaiden kokemista kauhuista Pohjois-Korean armeijassa

    5. 5

      Erika Vikman julkaisi hupaisan kuvan – kuittailee Dannylle: ”Sorry Lipsanen”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Rouvan alaston yövieras tuli isäntää vastaan kotipihalla – se letkautus naulautui taksikuskin mieleen pysyvästi

    2. 2

      Raskasta joulua -konsertti osoittautui raskaaksi pettymykseksi Oulussa – kuulijat raivoissaan: ”Nyt on rahastuksen makua!”

    3. 3

      Yleisö häkeltyi: Sihteeri Katja kertoi seksielämästään tv-ruudussa – paukautti totuuden Napakympissä

    4. 4

      Kuvassa näkyvän pysähtyneen henkilöauton kuljettaja, soita heti poliisille

    5. 5

      Kahden viikon päästä ei enää selviä sakoilla – huolimatonta autoilijaa uhkaa vähintään tonnin lisävero

    6. Näytä lisää