Digitoday

Suomalaissoftalla geenien saloihin

Julkaistu:

Poikkitieteellinen tutkijaryhmä Turun ja Jyväskylän yliopistoista uskoo ratkaisseensa biolääketieteelliseen ja moniulotteiseen kuvantamiseen liittyneen suurongelman kehittämällä uudentyyppisen tietokoneohjelmiston nimeltä BioImageXD.
Ongelmana on ollut se, että kuvantaminen tuottaa valtavia määriä digitaalista informaatiota, jonka käsittely edellyttää erikoistunutta tietokoneohjelmistoa. Tutkijoiden mukaan tarjolla olevat ohjelmistot ovat olleet aivan liian kalliita, toimineet puutteellisesti ja käsitelleet tietoa salaisilla laskentakaavoilla.

Kun ihmisen geenien kartoitustyö saatiin valmiiksi muutama vuosi sitten, alkoi biotieteissä uusi aikakausi. Nyt on selvitettävä, mitä kaikki geenit tekevät. Vain siten voidaan kehittää esimerkiksi tehokkaita hoitoja syöpiin tai uusia nanoteknologian sovelluksia, Jyväskylän yliopisto pohjustaa.

Geenejä ja molekyylejä on kyettävä havainnoimaan niiden luonnollisessa ympäristössä, ja elävien solujen kolmi- ja neliulotteinen kuvantaminen onkin noussut tärkeäksi tutkimusmenetelmäksi.

Ohjelmisto lennättää solun sisälle

BioImageXD on moniulotteisen kuvainformaation analysoimiseen ja visualisoimiseen tarkoitettu ohjelmisto, joka toimii kaikissa yleisimmissä käyttöjärjestelmissä ja jota kehutaan tarkaksi, käyttäjäystävälliseksi ja helposti laajennettavaksi.
MAINOS (TEKSTI JATKUU ALLA)
MAINOS PÄÄTTYY

Ohjelmiston avulla voidaan esimerkiksi laserskannausmikroskoopilla otetuista kuvista tuottaa elokuva, jossa seurataan viruksen tunkeutumista elävään soluun samalla, kun "lennetään" solun ympärillä ja sisällä. Voidaan myös saada tietokoneen varmistama tieto vaikkapa siitä, mihin kohteeseen solussa virus tunkeutuu.

Kuka tahansa voi ladata BioImageXD:n ilmaiseksi käyttöönsä ja parannella sitä, edellyttäen että jakaa muutoksensa edelleen muille käyttäjille. Periaate on siis sama kuin maailmanmaineeseen nousseen suomalaisen Linux-käyttöjärjestelmän kohdalla, joskin pienemmässä mittakaavassa.

Kovat odotukset

Tutkijaryhmä luottaa ohjelmistonsa päihittävän suuret kaupalliset kilpailijansa ja siten ratkaisemaan yhden nykyajan biolääketieteellisen tutkimuksen suurista ongelmista. BioImageXD:n ensimmäinen versio julkaistiin yleiseen levitykseen eilen.

Jyväskylän yliopiston mukaan suomalaistutkijoilla on nyt mahdollisuus saada tuotteensa maailmanlaajuiseen käyttöön ja aloittaa uusi Linuxin kaltainen "lumipalloefekti". Useat kotimaiset ja ulkomaiset yritykset ovat jo osoittaneet kiinnostuksensa ohjelmistoa kohtaan, näiden joukossa huippuoptiikan kansainvälinen yritys Zeiss.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Näin näännytetty 17-vuotias pakeni ikkunan kautta vanhempiensa kidutusta ja pelasti 12 sisarustaan – keksi kännykän hätäkikan, poliisi ylistää

    2. 2

      Kuljettajan mukaan länsimetro aiheuttaa yllättäviä oireita: ”Matkustamossa oksentelevat lapsetkin”

    3. 3

      ”Ystäväni tytär näytti mieheni rasvaiset tekstiviestit” – 6 eronnutta suomalaisnaista kertoo, mikä oli viimeinen niitti suhteessa

    4. 4

      Nämä kuvat osoittavat, miten kaukana todellisuudesta Instagram-povipommit elävät – Irc-gallerian vanhat otokset naurattavat

    5. 5

      Tyly havainto luotsivene­onnettomuuden tutkinnassa: Ohjaamosta oli mahdotonta pelastautua

    6. 6

      Ilmatieteen laitoksen animaatio näyttää: Lunta vyöryy Suomeen Puolasta asti – varoitus autoilijoille torstaiaamuksi

    7. 7

      Wärtsilä ei toimita Krimille laivamoottoreita – päätös ihmetyttää Venäjällä: ”Miten voi kieltäytyä rahasta?”

    8. 8

      Mitkä pusuhuulet! Poptähti Christina Aguilera, 37, edusti gaalassa aivan uudennäköisenä – ennen ja nyt -kuvat vuosien varrelta

    9. 9

      Tiedätkö, kuinka paljon ihmisestä erittyy hikeä nukkuessa? Tässä vaiheessa vuodevaatteet pitäisi heivata menemään

    10. 10

      Palkittu muusikko kävi käsiksi ja roikkui juontajan rinnuksissa – haukkui gaalassa Ylen, helsinkiläiset ja Lilli Paasikiven

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Palkittu muusikko kävi käsiksi ja roikkui juontajan rinnuksissa – haukkui gaalassa Ylen, helsinkiläiset ja Lilli Paasikiven

    2. 2

      Tom Jonesin 29-vuotias poika elää kodittomana kadulla – isä ei halua olla lapsensa kanssa missään tekemisissä: ”Lapsi ei ollut suunniteltu”

    3. 3

      Kotiinsa kahlittujen 13 sisaruksen naapuri kertoo oudosta joulukoriste-episodista: ”Heistä näki että he olivat kauhuissaan”

    4. 4

      Ruotsista vyöryvä myräkkä iskee kohta Suomeen – katso kartalta minne lunta luvataan eniten

    5. 5

      Näin näännytetty 17-vuotias pakeni ikkunan kautta vanhempiensa kidutusta ja pelasti 12 sisarustaan – keksi kännykän hätäkikan, poliisi ylistää

    6. 6

      Aamu-tv:n katsojat järkyttyivät hemmotellun teinin käytöksestä – 18-vuotias höylää surutta isiensä luottokorttia kymmenien tuhansien edestä

    7. 7

      Dokumentti: Venäjällä halutaan Valamon aarteet takaisin ”hinnalla millä hyvänsä” – näin Putin vastasi

    8. 8

      Petri, 30, painoi yli 130 kiloa – teki uudenvuodenkrapulassa päätöksen muutoksesta ja on nyt SM-tason juoksija

    9. 9

      Tämä testi todisti Trumpin sopivuuden presidentiksi – kokeile paljonko itse saisit!

    10. 10

      Mira oli juuri viemässä koiraa ulos, kun hän kohtasi ovella järkyttävän näyn – ”Kotka oli iskenyt Tupsu-kissaan”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Äiti aavisti pahaa, kun Sanna-Marin Facebook-kuva oli vaihtunut yöllä – kodista paljastui kauhein mahdollinen painajainen

    2. 2

      Tällaisia ovat vanhempien naisten seksimatkat Gambiassa – nuoret ”rantapojat” tarjoavat seuraa häkellyttävän aktiivisesti

    3. 3

      10 asiaa, jotka jokaisen pitäisi hävittää kodistaan heti

    4. 4

      Tyttö pakeni 13-vuotiaana pahamaineisesta Jumalan lapset -seksikultista – hirvittävät yksityiskohdat paljastuivat tv:ssä

    5. 5

      Kadonneen jäljillä: Oottin, 33, vuosien etsintä päättyi – Thaimaasta löytyneelle pikkuveljelle paljastui murheellinen totuus

    6. 6

      Autoilija ajoi ikkunat huurussa ABC-asemalle, eikä poliisi ”ollut 20 vuoden aikana nähnyt yhtä tyhmää miestä”

    7. 7

      Anna-Leena Härkönen ärsyyntyi Teneriffan-lennollaan rasittavasta ilmiöstä koneen vessajonossa – oletko huomannut tällaista käytöstä?

    8. 8

      Muistatko vielä hittiyhtye Kwanin Marikon? Vaihtoi täysin alaa: tältä hän näyttää nyt!

    9. 9

      Hugh Hefnerin leski Crystal, 31, palasi julkisuuteen täysin muuttuneena – povipommityyli on nyt historiaa: elelee elatusmaksuilla

    10. 10

      37-vuotiaan laulajan vartalo muuttui kuin yhdessä yössä – otti vatsaansa proteiinipistoksia: Laihtui 12 kiloa saman tien

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Näin näännytetty 17-vuotias pakeni ikkunan kautta vanhempiensa kidutusta ja pelasti 12 sisarustaan – keksi kännykän hätäkikan, poliisi ylistää

    2. 2

      Kuljettajan mukaan länsimetro aiheuttaa yllättäviä oireita: ”Matkustamossa oksentelevat lapsetkin”

    3. 3

      ”Ystäväni tytär näytti mieheni rasvaiset tekstiviestit” – 6 eronnutta suomalaisnaista kertoo, mikä oli viimeinen niitti suhteessa

    4. 4

      Nämä kuvat osoittavat, miten kaukana todellisuudesta Instagram-povipommit elävät – Irc-gallerian vanhat otokset naurattavat

    5. 5

      Tyly havainto luotsivene­onnettomuuden tutkinnassa: Ohjaamosta oli mahdotonta pelastautua

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Palkittu muusikko kävi käsiksi ja roikkui juontajan rinnuksissa – haukkui gaalassa Ylen, helsinkiläiset ja Lilli Paasikiven

    2. 2

      Tom Jonesin 29-vuotias poika elää kodittomana kadulla – isä ei halua olla lapsensa kanssa missään tekemisissä: ”Lapsi ei ollut suunniteltu”

    3. 3

      Kotiinsa kahlittujen 13 sisaruksen naapuri kertoo oudosta joulukoriste-episodista: ”Heistä näki että he olivat kauhuissaan”

    4. 4

      Ruotsista vyöryvä myräkkä iskee kohta Suomeen – katso kartalta minne lunta luvataan eniten

    5. 5

      Näin näännytetty 17-vuotias pakeni ikkunan kautta vanhempiensa kidutusta ja pelasti 12 sisarustaan – keksi kännykän hätäkikan, poliisi ylistää

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Äiti aavisti pahaa, kun Sanna-Marin Facebook-kuva oli vaihtunut yöllä – kodista paljastui kauhein mahdollinen painajainen

    2. 2

      Tällaisia ovat vanhempien naisten seksimatkat Gambiassa – nuoret ”rantapojat” tarjoavat seuraa häkellyttävän aktiivisesti

    3. 3

      10 asiaa, jotka jokaisen pitäisi hävittää kodistaan heti

    4. 4

      Tyttö pakeni 13-vuotiaana pahamaineisesta Jumalan lapset -seksikultista – hirvittävät yksityiskohdat paljastuivat tv:ssä

    5. 5

      Kadonneen jäljillä: Oottin, 33, vuosien etsintä päättyi – Thaimaasta löytyneelle pikkuveljelle paljastui murheellinen totuus

    6. Näytä lisää