Digitoday

Suomalaisohjelma pureutuu geenien mysteereihin

Julkaistu:

Helsingin yliopiston tutkijat ovat kehittäneet tietokoneohjelman, jonka avulla heidän mukaansa geenien säätelyjärjestelmän tutkimisessa päästään harppaus eteenpäin. Tällä hetkellä tiedemiehet tuntevat vain murto-osan ihmisen perimästä.

EEL-ohjelma (enhancer element locator) etsii genomisesta dna-sekvenssistä alueita, joihin sitoutuu paljon niin sanottuja transkriptiotekijöitä vierekkäin. Transkriptiotekijät ovat dna:han sitoutuvia proteiineja.

Professori Jussi Taipaleen ja akatemiaprofessori Esko Ukkosen johtamassa monitieteellisessä tutkimusryhmässä on tutkittu, millaisiin dna-sekvensseihin nämä transkriptiotekijät sitoutuvat. Jos samoja transkriptiotekijöitä sitova dna-alue löytyy useilta eläinlajeilta, tämä alue toimii todennäköisesti geenien ilmenemisen säätelyelementtinä.

- Geenit ilmentyvät tietyissä soluissa tarkkaan määrätyllä hetkellä, ja tämän säätelyn logiikan selvittäminen on biologinen peruskysymys, joka on vielä vailla vastausta, kertoo Taipale tutkimusryhmän tiedotteessa.

Tutkimusryhmä osoitti, että ennustetut säätelyalueet ohjaavat merkkigeenin ilmentymistä siirtogeenisessä hiiressä, ja he pystyivät ennustamaan säätelyelementtejä genominlaajuisesti useille eläinlajeille.

99 prosenttia tuntematonta

Jo vuodesta 1966 on tunnettu koodi, jolla dna koodaa proteiinien rakennuspalikoita, aminohappoja. Koodin perusteella on pystytty tunnistamaan genomisesta dna-sekvenssistä uusia geenejä ja ennustamaan esimerkiksi ihmisen geenien kokonaismäärää. Tällaista koodaavaa sekvenssiä on perimästämme kuitenkin vain noin yksi prosentti.

Tutkijoiden mukaan tarvitaan uutta tietoa ja uutta "kieliopin" tuntemusta, jotta voidaan selvittää, mitä muita toimintoja ja tehtäviä on lopulla 99 prosentilla genomimme dna-sekvenssistä.

Merkitystä sairauksien tutkimiselle

Taipale ja hänen tutkimusryhmässään Biomedicum Helsingissä työskentelevä tutkija Jaana Hallikas uskovat, että geenien ilmenemisen säätelyä koskeva tutkimus jatkuu vilkkaana.

- Muutokset geenien ilmentymistä säätelevissä elementeissä ovat tärkeitä evoluutiossa, ja on todennäköistä, että ihmisten alttiudet erilaisille sairauksille, muun muassa syövälle, johtuvat usein eroista säätelyelementeissä. Siksi näiden elementtien ja niiden toiminnan ymmärtäminen on erityisen tärkeää, kertovat Taipale ja Hallikas.

Tutkimukseen osallistui molekyylibiologeja, kehitysbiologeja ja tietojenkäsittelyn tutkijoita Helsingin yliopistosta. Projektissa mukana olleet tutkijat kuuluivat kolmeen Suomen Akatemian huippuyksikköön, genomitiedon hyödyntämisen, datasta tietoon sekä kehitysbiologian huippuyksikköön. Tutkimus julkaistaan Cell-tiedelehden 13.1.2006 ilmestyvässä numerossa.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Laulaja Sanni esiintyi Miss Farkku Suomi -elokuvassa 18-vuotiaana – ulkonäkö ja tyyli on muuttunut hurjasti: Mikä on paras?

    2. 2

      Urheilijatähti väittää tulleensa raiskatuksi Helsingissä – Patrik Sjöberg raivostui asian käsittelystä: ”Kesti puoli tuntia selvittää tekijä”

    3. 3

      Aamulypsyn Jaajo Linnonmaa joutui kohun keskelle – näin juontaja itse kommentoi tilannetta

    4. 4

      Kouvolan keskustasta löytyi ruumis – poliisi: Tapaukseen liittyi aseen käyttöä

    5. 5

      13-vuotiaan ryöstöstä Tampereella epäillään kahta 16-vuotiasta tyttöä – ilmoittautuivat itse poliisille

    6. 6

      Egyptin moskeija-iskussa kuollut jo yli 180 ihmistä – asemiehet räjäyttivät pommin ja tulittivat pakenevia

    7. 7

      Poliisilta lisätietoa Juuan kuolonkolarista: ”Rekka tuli valitettavasti juuri silloin vastaan”

    8. 8

      Lidlin uusi ”vesirajamekko” pian kauppoihin – paljettiunelma peittää pepun juuri ja juuri

    9. 9

      MTV: Kotimatkalla kadonnut nuori mies löytyi kuolleena Helsingin Jätkäsaaresta

    10. 10

      Juhana, 30, yllättyi: Avasi puhelimen, sisältä paljastui muuta mitä piti – huomaisitko eroa?

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Aku Hirviniemi sai keskellä yötä viestin ex-puolisoltaan Niina Lahtiselta – ”Alkaako vanha suola janottaa?”

    2. 2

      Norjan kruununprinsessa Mette-Marit kärsii kristallitaudista – joutuu perumaan tehtäviään

    3. 3

      Napakympin Marko valitsi Neiti A:n – yhteiselle matkalle lähtikin Neiti B: ”Ei tarvinnut kuunnella naputusta”

    4. 4

      Tarkkaile tätä! Pieni merkki kertoo, onko kotonasi sisäilmaongelmia

    5. 5

      Janne Ahosen yllätysratkaisu: Mico-poika sai lopettaa koulun 15-vuotiaana – ”Vaimo oli aluksi hieman kriittinen”

    6. 6

      Sinkku Maria, 34, kävi lupaavilla Tinder-treffeillä – fiilis muuttui hetkessä ravintolasta lähtiessä

    7. 7

      Tangoprinssi Dimitri Sjöberg kuoli vain 37-vuotiaana – ”Hänen äänessään oli lämpöä ja kaipaus”

    8. 8

      Fanit surevat tangoprinssi Dimitri Sjöbergin varhaista poismenoa – ”Ääni oli sulaa kultaa”

    9. 9

      Elina, 33, muutti Oulusta Italiaan ja huomasi ison eron työmoraalissa: ”Suomessa se on juuri toisin päin”

    10. 10

      Kuvat: Tiffany Trump, 24, kohautti lyhyellä hameella – sisarukset edustivat yhdessä harvinaisesti

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Rouvan alaston yövieras tuli isäntää vastaan kotipihalla – se letkautus naulautui taksikuskin mieleen pysyvästi

    2. 2

      Raskasta joulua -konsertti osoittautui raskaaksi pettymykseksi Oulussa – kuulijat raivoissaan: ”Nyt on rahastuksen makua!”

    3. 3

      Katso, kuinka monella suomalaisella on sama sukunimi kuin sinulla

    4. 4

      Aku Hirviniemi sai keskellä yötä viestin ex-puolisoltaan Niina Lahtiselta – ”Alkaako vanha suola janottaa?”

    5. 5

      Kuvassa näkyvän pysähtyneen henkilöauton kuljettaja, soita heti poliisille

    6. 6

      Elina, 33, muutti Oulusta Italiaan ja huomasi ison eron työmoraalissa: ”Suomessa se on juuri toisin päin”

    7. 7

      10 asiaa, jotka tapahtuvat, kun lakkaat syömästä leipää

    8. 8

      Lentokone lähti rajuun nousuun kesken laskeutumisen Helsinki-Vantaalle – matkustajat hämmästyivät

    9. 9

      Kenen Suomi-julkkiksen kanssa olet samanpituinen? Tarkista yli 150 nimen listasta

    10. 10

      Turkkilaisnaisen, 71, uskomattoman nuorekas ulkonäkö lyö ällikällä – kauneuden salaisuus kebab

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Laulaja Sanni esiintyi Miss Farkku Suomi -elokuvassa 18-vuotiaana – ulkonäkö ja tyyli on muuttunut hurjasti: Mikä on paras?

    2. 2

      Urheilijatähti väittää tulleensa raiskatuksi Helsingissä – Patrik Sjöberg raivostui asian käsittelystä: ”Kesti puoli tuntia selvittää tekijä”

    3. 3

      Aamulypsyn Jaajo Linnonmaa joutui kohun keskelle – näin juontaja itse kommentoi tilannetta

    4. 4

      Kouvolan keskustasta löytyi ruumis – poliisi: Tapaukseen liittyi aseen käyttöä

    5. 5

      13-vuotiaan ryöstöstä Tampereella epäillään kahta 16-vuotiasta tyttöä – ilmoittautuivat itse poliisille

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Aku Hirviniemi sai keskellä yötä viestin ex-puolisoltaan Niina Lahtiselta – ”Alkaako vanha suola janottaa?”

    2. 2

      Norjan kruununprinsessa Mette-Marit kärsii kristallitaudista – joutuu perumaan tehtäviään

    3. 3

      Napakympin Marko valitsi Neiti A:n – yhteiselle matkalle lähtikin Neiti B: ”Ei tarvinnut kuunnella naputusta”

    4. 4

      Tarkkaile tätä! Pieni merkki kertoo, onko kotonasi sisäilmaongelmia

    5. 5

      Janne Ahosen yllätysratkaisu: Mico-poika sai lopettaa koulun 15-vuotiaana – ”Vaimo oli aluksi hieman kriittinen”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Rouvan alaston yövieras tuli isäntää vastaan kotipihalla – se letkautus naulautui taksikuskin mieleen pysyvästi

    2. 2

      Raskasta joulua -konsertti osoittautui raskaaksi pettymykseksi Oulussa – kuulijat raivoissaan: ”Nyt on rahastuksen makua!”

    3. 3

      Katso, kuinka monella suomalaisella on sama sukunimi kuin sinulla

    4. 4

      Aku Hirviniemi sai keskellä yötä viestin ex-puolisoltaan Niina Lahtiselta – ”Alkaako vanha suola janottaa?”

    5. 5

      Kuvassa näkyvän pysähtyneen henkilöauton kuljettaja, soita heti poliisille

    6. Näytä lisää