Digitoday

Suomalaisohjelma pureutuu geenien mysteereihin

Julkaistu:

Helsingin yliopiston tutkijat ovat kehittäneet tietokoneohjelman, jonka avulla heidän mukaansa geenien säätelyjärjestelmän tutkimisessa päästään harppaus eteenpäin. Tällä hetkellä tiedemiehet tuntevat vain murto-osan ihmisen perimästä.

EEL-ohjelma (enhancer element locator) etsii genomisesta dna-sekvenssistä alueita, joihin sitoutuu paljon niin sanottuja transkriptiotekijöitä vierekkäin. Transkriptiotekijät ovat dna:han sitoutuvia proteiineja.

Professori Jussi Taipaleen ja akatemiaprofessori Esko Ukkosen johtamassa monitieteellisessä tutkimusryhmässä on tutkittu, millaisiin dna-sekvensseihin nämä transkriptiotekijät sitoutuvat. Jos samoja transkriptiotekijöitä sitova dna-alue löytyy useilta eläinlajeilta, tämä alue toimii todennäköisesti geenien ilmenemisen säätelyelementtinä.

- Geenit ilmentyvät tietyissä soluissa tarkkaan määrätyllä hetkellä, ja tämän säätelyn logiikan selvittäminen on biologinen peruskysymys, joka on vielä vailla vastausta, kertoo Taipale tutkimusryhmän tiedotteessa.

Tutkimusryhmä osoitti, että ennustetut säätelyalueet ohjaavat merkkigeenin ilmentymistä siirtogeenisessä hiiressä, ja he pystyivät ennustamaan säätelyelementtejä genominlaajuisesti useille eläinlajeille.

99 prosenttia tuntematonta

Jo vuodesta 1966 on tunnettu koodi, jolla dna koodaa proteiinien rakennuspalikoita, aminohappoja. Koodin perusteella on pystytty tunnistamaan genomisesta dna-sekvenssistä uusia geenejä ja ennustamaan esimerkiksi ihmisen geenien kokonaismäärää. Tällaista koodaavaa sekvenssiä on perimästämme kuitenkin vain noin yksi prosentti.

Tutkijoiden mukaan tarvitaan uutta tietoa ja uutta "kieliopin" tuntemusta, jotta voidaan selvittää, mitä muita toimintoja ja tehtäviä on lopulla 99 prosentilla genomimme dna-sekvenssistä.

Merkitystä sairauksien tutkimiselle

Taipale ja hänen tutkimusryhmässään Biomedicum Helsingissä työskentelevä tutkija Jaana Hallikas uskovat, että geenien ilmenemisen säätelyä koskeva tutkimus jatkuu vilkkaana.

- Muutokset geenien ilmentymistä säätelevissä elementeissä ovat tärkeitä evoluutiossa, ja on todennäköistä, että ihmisten alttiudet erilaisille sairauksille, muun muassa syövälle, johtuvat usein eroista säätelyelementeissä. Siksi näiden elementtien ja niiden toiminnan ymmärtäminen on erityisen tärkeää, kertovat Taipale ja Hallikas.

Tutkimukseen osallistui molekyylibiologeja, kehitysbiologeja ja tietojenkäsittelyn tutkijoita Helsingin yliopistosta. Projektissa mukana olleet tutkijat kuuluivat kolmeen Suomen Akatemian huippuyksikköön, genomitiedon hyödyntämisen, datasta tietoon sekä kehitysbiologian huippuyksikköön. Tutkimus julkaistaan Cell-tiedelehden 13.1.2006 ilmestyvässä numerossa.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Muistatko tosi-tv-tähti Supermarjon? Marjo Niittyviita kertoo nyt, miksi hän katosi yllättäen julkisuudesta

    2. 2

      Etelä-Suomeen jysähtää jopa kymmenen senttiä lunta – meteorologi: Sade alkaa torstaiyönä, ajokeli surkea

    3. 3

      Kommentti: Piiri pieni pyörii ja tuolit vain vaihtuvat – näin kokoomuslobbarit vuolevat hunajaa terveysfirmoille

    4. 4

      Nyt puhuu viljelijä 300 000:n hanhen pellolta Elimäeltä – ”Kaikki eliöt kuuluvat samaan orkesteriin”

    5. 5

      Vanhempi konstaapeli ikuisti kauniin näyn Lapissa – ”Mikä salaisuus paljastuukaan ilmasta käsin!”

    6. 6

      Poliisi teki kuolinvuoteellaan yllättävän tunnustuksen – verinen rikosmysteeri voi ratketa yli 30 vuoden jälkeen Belgiassa

    7. 7

      Pelasimme peliä, josta internet puhuu – se on pelottava, koska se voi olla pian totta

    8. 8

      Timon vaimolla todettiin aggressiivinen keuhkosyöpä: ”Mari niin toivoi, että näkisi kevään”

    9. 9

      Tällainen oli Mika Myllylän ja perheen viimeinen juhannus vain pari viikkoa ennen suru-uutista

    10. 10

      ”Ari” on kuin ilmetty menestyvä ura­tykki – oikeasti perä­kamarin poika elää eläkeläis­vanhempiensa rahoilla

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    2. 2

      ”Ari” on kuin ilmetty menestyvä ura­tykki – oikeasti perä­kamarin poika elää eläkeläis­vanhempiensa rahoilla

    3. 3

      Verorahoilla jonojen ohi leikkaukseen jo nyt? Näin Laura Räty ohjaa jo täyttä vauhtia lääkäreitä lähettämään potilaansa yksityiselle puolelle hoitoon

    4. 4

      Harvinainen haastattelu uutuuskirjassa: Mika Myllylän tytär kertoi rehellisesti äitinsä koettelemuksista – ”Sellaista julmuutta en pysty ymmärtämään”

    5. 5

      Mika Salo julkaisi harvinaisen videon F1-tuomarien huoneesta – tämä sinetöi Verstappenin kohtalon Räikköstä vastaan

    6. 6

      Heidi Selin suunnitteli supertähdille vaatteita – sitten elämä Yhdysvalloissa romahti hetkessä

    7. 7

      Jouni Hynynen koki hurjan muodonmuutoksen – ajoi päänsä kaljuksi: tunnistaisitko rokkaria?

    8. 8

      Max Verstappenilta kova syytös F1-tuomarille: ”Siellä on se yksi idiootti”

    9. 9

      Mies antoi 14-vuotiaalle kannabista ja harrasti tämän kanssa seksiä – ei tuomiota seksuaalisesta hyväksikäytöstä

    10. 10

      Timon vaimolla todettiin aggressiivinen keuhkosyöpä: ”Mari niin toivoi, että näkisi kevään”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Työttömät kieltäytyivät työstä aina samalla selityksellä – teollisuuspohatan vastaveto saikin hakijan leuan loksahtamaan

    2. 2

      Dopingtuomion saaneen Therese Johaugin ulkoinen olemus on jotain aivan muuta kuin kaksi kuukautta sitten – katso kuvat

    3. 3

      Leivinuunin ”lisälaite” yllätti pariskunnan – tunnelmallinen lauantai-ilta meni pilalle

    4. 4

      Thaimaalaista Marisaa vietiin, kun Pattayan baarikadulla asteli vastaan suomalainen Mauri: ”Olen onnen nainen, kun sain hyvän miehen”

    5. 5

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    6. 6

      Tutut liikennemerkit muuttuvat sukupuolineutraaleiksi – katso kuvat!

    7. 7

      Näin päättyi Napakymppi-parin Ikaalisten matka – piikki auki, Ville jätti taksit maksamatta: ”Odotin, milloin pääsen pois”

    8. 8

      Lahdesta löytynyt vainaja edelleen tunnistamatta – poliisi julkaisi poikkeuksellisesti kuvan ruumiista

    9. 9

      Nuoren Emman netti-ihastus olikin kaljuuntuva, 53-vuotias kauppias – sen jälkeen tapahtui jotain käsittämätöntä

    10. 10

      Kova väite K-Supermarketin kalatiskin kikasta ja takahuoneen tapahtumista – 22-vuotias Miss Tampere kertoo olevansa yksi kauppiaan uhreista

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Muistatko tosi-tv-tähti Supermarjon? Marjo Niittyviita kertoo nyt, miksi hän katosi yllättäen julkisuudesta

    2. 2

      Etelä-Suomeen jysähtää jopa kymmenen senttiä lunta – meteorologi: Sade alkaa torstaiyönä, ajokeli surkea

    3. 3

      Kommentti: Piiri pieni pyörii ja tuolit vain vaihtuvat – näin kokoomuslobbarit vuolevat hunajaa terveysfirmoille

    4. 4

      Nyt puhuu viljelijä 300 000:n hanhen pellolta Elimäeltä – ”Kaikki eliöt kuuluvat samaan orkesteriin”

    5. 5

      Vanhempi konstaapeli ikuisti kauniin näyn Lapissa – ”Mikä salaisuus paljastuukaan ilmasta käsin!”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    2. 2

      ”Ari” on kuin ilmetty menestyvä ura­tykki – oikeasti perä­kamarin poika elää eläkeläis­vanhempiensa rahoilla

    3. 3

      Verorahoilla jonojen ohi leikkaukseen jo nyt? Näin Laura Räty ohjaa jo täyttä vauhtia lääkäreitä lähettämään potilaansa yksityiselle puolelle hoitoon

    4. 4

      Harvinainen haastattelu uutuuskirjassa: Mika Myllylän tytär kertoi rehellisesti äitinsä koettelemuksista – ”Sellaista julmuutta en pysty ymmärtämään”

    5. 5

      Mika Salo julkaisi harvinaisen videon F1-tuomarien huoneesta – tämä sinetöi Verstappenin kohtalon Räikköstä vastaan

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Työttömät kieltäytyivät työstä aina samalla selityksellä – teollisuuspohatan vastaveto saikin hakijan leuan loksahtamaan

    2. 2

      Dopingtuomion saaneen Therese Johaugin ulkoinen olemus on jotain aivan muuta kuin kaksi kuukautta sitten – katso kuvat

    3. 3

      Leivinuunin ”lisälaite” yllätti pariskunnan – tunnelmallinen lauantai-ilta meni pilalle

    4. 4

      Thaimaalaista Marisaa vietiin, kun Pattayan baarikadulla asteli vastaan suomalainen Mauri: ”Olen onnen nainen, kun sain hyvän miehen”

    5. 5

      Maria Veitola laukoo suorat sanat Tomi Metsäkedon Tähdet, tähdet -potkuista – ”Hänellä on selkeä ongelma”

    6. Näytä lisää