Pahimmillaan järjestelmään kerääntynyt bakteerimassa voi aiheuttaa suuriakin ongelmia kuten tukkimalla polttoainesuodattimen jopa kokonaan.
Nämä potentiaaliset ongelmat voidaan hoitaa ja jopa ennaltaehkäistä käyttämällä polttoainejärjestelmän puhdistusaineita. Aineiden ideana on puhdistaa ne moottorin osat joiden kautta polttoaine kulkee nesteenä.
Oikean puhdistusaineen valinta riippuu polttoaineesta. Esimerkiksi dieselpolttoaine- ja ruiskutusjärjestelmään tarkoitettu asiallinen puhdistusaine poistaa esimerkiksi kosteuden ja karstaa sekä estää parafiinikiteiden muodostumista.
Bensiiniauton polttoainejärjestelmässä oleellista on esimerkiksi suuttimien, kaasuttimen, venttiilien, sytytystulppien ja palotilan kunnollinen puhdistaminen.
Polttoainejärjestelmän puhdistusainekäsittely on verraten edullinen ja erittäin helppo tehdä. Tyypillisesti ainetta vain kaadetaan koko pullollinen polttoainesäiliöön – eikä muuta. Ajoneuvoa voi myös heti alkaa käyttää normaaliin tapaan.
