Mobiili

Valikko

Atomeja kuvantava ohjelmistoratkaisu laskennalliseen kemiaan

Julkaistu:

Tieteen tietotekniikan keskus CSC verkkosivuilleen avaaman gOpenMol-ohjelmistopalvelun avulla voidaan visualisoida ja analysoida molekyylien rakenteita ja ominaisuuksia. Ohjelmalla voi piirtää erilaisia pintoja, jotka kuvaavat esimerkiksi molekyylin ympäröivää potentiaalikenttää tai elektronitiheyttä. gOpenMol-työkalupakilla voi niin ikään tarkastella ja analysoida dynaamisia ajasta riippuvia tapahtumia molekyylien rakenteessa tai ominaisuuksissa sekä tehdä tästä animaation.
CSC:n mukaan kemistit tarvitsevat kipeästi tietokoneohjelmia, joilla voidaan mahdollisimman helppokäyttöisesti rakentaa molekyylejä kuvaputkella ja muuttaa niitä poistamalla tai lisäämällä atomeja.

Kun tarkastelun kohteena olevaan molekyyliin, joka voi olla uusi lääkemolekyyli tai proteiini, tehdään muutoksia saattaa sillä olla suuriakin vaikutuksia molekyylin ominaisuuksiin. Näiden vaikutusten kuvaamiseen ja näkemiseen tarvitaan taas tietokonegrafiikan kuvantamismahdollisuuksia.

Tietokone tekee tulkintoja siitä miltä materia näyttää atomien tasolla.

Laskentapalvelimilla olevat laskennallisen kemian ohjelmat tuottavat ison määrän numeroita, joita on vaikea tulkita ja ymmärtää ellei niitä voida pukea kuvalliseen muotoon. gOpenMol -työkalupakin avulla voi kuvata molekyylejä erilaisin tavoin tikkumalleista aina pallomalleihin.

Mahdollista omien osien lisääminen ohjelmaan

- gOpenMolissa käytetään tehokasta Tcl/Tk -ohjelmointikieltä, joka mahdollistaa omien osien lisäämistä ohjelmaan tai käyttöliittymän muokkausta omien tarpeiden mukaiseksi, toteaa ohjelman rakentanut kehityspäällikkö Leif Laaksonen CSC:stä.

Laaksosen mukaan gOpenMol -työkalupakki on helposti muokattavissa ja laajennettavissa vastaamaan omia käyttötarpeita. Tämän takia monet tutkijat käyttävät ohjelmaa omien laskennallisten ohjelmiensa visualisointi- ja analysointityökaluna.

gOpenMol-ohjelmaa voivat käyttää ilmaiseksi niin korkeakoulujen kuin teollisuuden edustajat. Ohjelman lähdekoodi jaetaan ohjelman mukana. Mutta ohjelmaa ei voi jakaa eteenpäin ansaintamallilla. Ohjelman tekijänoikeudet ovat Leif Laaksosella.

CSC on opetusministeriön omistama tieteen tietotekniikan keskus. Tutkijat voivat käyttää CSC:ssä sijaitsevia Suomen laajinta tieteellisten ohjelmistojen ja tieteen tietokantojen valikoimaa sekä Suomen tehokkainta superlaskentaympäristöä CSC:n ylläpitämien Funet-tietoliikenneyhteyksien kautta.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Latinotähti Jennifer Lopez täytti 48 – alusvaatteet jäivät kotiin: Sensaatiomainen ”nakumekko” paljasti rinnat lähes kokonaan

    2. 2

      Heittikö joku kiven? Takapenkillä istunut 5-vuotias ihasteli tunnelia – seuraavassa hetkessä lempääläisperheen auto kylpi lasinsirpaleissa

    3. 3

      Erotatko nyt rehottavan vaarallisen kasvin tutuista lajeista? Voi aiheuttaa vakavia palovammoja, oireita jo tuoksusta

    4. 4

      Perheenäiti Laura, 31, joutui häipymään joogatunnilta kesken touhun – julkaisi rehellisen tilityksen: Nolo tarina leviää

    5. 5

      Jumalaiset muodot! Salkkari-kaunotar julkaisi povekkaan bikinikuvan – vain ohuet narut pitelevät aloillaan

    6. 6

      Näyttelijätär julkaisi hätkähdyttävän kuvaparin – laihtui 20 kiloa: Paljastiko heijastus lasin pinnasta jotain karua?

    7. 7

      Kehonrakentaja julkaisi häkellyttävän kuvan – ”Näyttää todella vastenmieliseltä”

    8. 8

      182 vuotta naisenergiaa! Aira Samulin, 90, ja Siiri Rantanen, 92, kohtasivat ensi kertaa – koskettava tapaaminen

    9. 9

      Mökkinaapuri järjesti harvinaisen viheliäisen koston auton lämmitysajastimen avulla

    10. 10

      Eikö Jaromir Jagr, 45, kelpaa enää NHL-seuroille? ”En usko olevani niin huono”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Perheenäiti Laura, 31, joutui häipymään joogatunnilta kesken touhun – julkaisi rehellisen tilityksen: Nolo tarina leviää

    2. 2

      Duudsonit-Jukka esittelee tyrmäävän vaimonsa Instagramissa – tältä näyttää julkisuudesta pois pysytellyt kaunotar

    3. 3

      ”Kalju lihava äijä” haki nuoria kesätöihin konepajalle riemastuttavalla ilmoituksella – näin kävi

    4. 4

      Mökkinaapuri järjesti harvinaisen viheliäisen koston auton lämmitysajastimen avulla

    5. 5

      Teinityttö julkaisi tavalliselta näyttävän kuvan itsestään ja poikaystävästään – synnytti yllättäen silmittömän nettiraivon

    6. 6

      Näyttelijätär julkaisi hätkähdyttävän kuvaparin – laihtui 20 kiloa: Paljastiko heijastus lasin pinnasta jotain karua?

    7. 7

      Latinotähti Jennifer Lopez täytti 48 – alusvaatteet jäivät kotiin: Sensaatiomainen ”nakumekko” paljasti rinnat lähes kokonaan

    8. 8

      Jumalaiset muodot! Salkkari-kaunotar julkaisi povekkaan bikinikuvan – vain ohuet narut pitelevät aloillaan

    9. 9

      Beckhamien yli viiden miljoonan euron ökykodissa erikoinen järjestely – onko syynä ex-jalkapalloilijan railakas elämäntyyli?

    10. 10

      Marjanpoimijoiden touhut hillasuolla herättivät epäilyt – Matti kurkisti ämpäriin ja tyrmistyi

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Marjanpoimijoiden touhut hillasuolla herättivät epäilyt – Matti kurkisti ämpäriin ja tyrmistyi

    2. 2

      Kansainvälisen uintiliiton julkaisema kuva järkyttää – ”Todella nöyryyttävää, epäkunnioittavaa, skandaali”

    3. 3

      Harrastatko sinäkin ”Pirkka-seksiä”? 7 syytä, miksi se on tajuttoman upeaa

    4. 4

      Teinityttö julkaisi tavalliselta näyttävän kuvan itsestään ja poikaystävästään – synnytti yllättäen silmittömän nettiraivon

    5. 5

      Perheenäiti Laura, 31, joutui häipymään joogatunnilta kesken touhun – julkaisi rehellisen tilityksen: Nolo tarina leviää

    6. 6

      ”Palopuron puuma” Laura, 40, vaihtoi nuupahtaneen liiton 15 vuotta nuorempaan mieheen: ”Seksi on hyvää”

    7. 7

      Katso: Tulipunainen hellemassa jysähtää pian jopa koko Suomeen – Ilmatieteen laitoksen video näyttää, millainen helle voi alkaa!

    8. 8

      Duudsonit-Jukka esittelee tyrmäävän vaimonsa Instagramissa – tältä näyttää julkisuudesta pois pysytellyt kaunotar

    9. 9

      Teemu Selänteen pojat katsoivat ilmaiseksi keikkaa isänsä luksusjahdilta – lavalla esiintyneeltä Reino Nordinilta osuva kuitti aiheesta

    10. 10

      ”Kalju lihava äijä” haki nuoria kesätöihin konepajalle riemastuttavalla ilmoituksella – näin kävi

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Latinotähti Jennifer Lopez täytti 48 – alusvaatteet jäivät kotiin: Sensaatiomainen ”nakumekko” paljasti rinnat lähes kokonaan

    2. 2

      Heittikö joku kiven? Takapenkillä istunut 5-vuotias ihasteli tunnelia – seuraavassa hetkessä lempääläisperheen auto kylpi lasinsirpaleissa

    3. 3

      Erotatko nyt rehottavan vaarallisen kasvin tutuista lajeista? Voi aiheuttaa vakavia palovammoja, oireita jo tuoksusta

    4. 4

      Perheenäiti Laura, 31, joutui häipymään joogatunnilta kesken touhun – julkaisi rehellisen tilityksen: Nolo tarina leviää

    5. 5

      Jumalaiset muodot! Salkkari-kaunotar julkaisi povekkaan bikinikuvan – vain ohuet narut pitelevät aloillaan

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Perheenäiti Laura, 31, joutui häipymään joogatunnilta kesken touhun – julkaisi rehellisen tilityksen: Nolo tarina leviää

    2. 2

      Duudsonit-Jukka esittelee tyrmäävän vaimonsa Instagramissa – tältä näyttää julkisuudesta pois pysytellyt kaunotar

    3. 3

      ”Kalju lihava äijä” haki nuoria kesätöihin konepajalle riemastuttavalla ilmoituksella – näin kävi

    4. 4

      Mökkinaapuri järjesti harvinaisen viheliäisen koston auton lämmitysajastimen avulla

    5. 5

      Teinityttö julkaisi tavalliselta näyttävän kuvan itsestään ja poikaystävästään – synnytti yllättäen silmittömän nettiraivon

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Marjanpoimijoiden touhut hillasuolla herättivät epäilyt – Matti kurkisti ämpäriin ja tyrmistyi

    2. 2

      Kansainvälisen uintiliiton julkaisema kuva järkyttää – ”Todella nöyryyttävää, epäkunnioittavaa, skandaali”

    3. 3

      Harrastatko sinäkin ”Pirkka-seksiä”? 7 syytä, miksi se on tajuttoman upeaa

    4. 4

      Teinityttö julkaisi tavalliselta näyttävän kuvan itsestään ja poikaystävästään – synnytti yllättäen silmittömän nettiraivon

    5. 5

      Perheenäiti Laura, 31, joutui häipymään joogatunnilta kesken touhun – julkaisi rehellisen tilityksen: Nolo tarina leviää

    6. Näytä lisää