Mobiili

Valikko

Atomeja kuvantava ohjelmistoratkaisu laskennalliseen kemiaan

Tieteen tietotekniikan keskus CSC verkkosivuilleen avaaman gOpenMol-ohjelmistopalvelun avulla voidaan visualisoida ja analysoida molekyylien rakenteita ja ominaisuuksia. Ohjelmalla voi piirtää erilaisia pintoja, jotka kuvaavat esimerkiksi molekyylin ympäröivää potentiaalikenttää tai elektronitiheyttä. gOpenMol-työkalupakilla voi niin ikään tarkastella ja analysoida dynaamisia ajasta riippuvia tapahtumia molekyylien rakenteessa tai ominaisuuksissa sekä tehdä tästä animaation.
CSC:n mukaan kemistit tarvitsevat kipeästi tietokoneohjelmia, joilla voidaan mahdollisimman helppokäyttöisesti rakentaa molekyylejä kuvaputkella ja muuttaa niitä poistamalla tai lisäämällä atomeja.

Kun tarkastelun kohteena olevaan molekyyliin, joka voi olla uusi lääkemolekyyli tai proteiini, tehdään muutoksia saattaa sillä olla suuriakin vaikutuksia molekyylin ominaisuuksiin. Näiden vaikutusten kuvaamiseen ja näkemiseen tarvitaan taas tietokonegrafiikan kuvantamismahdollisuuksia.

Tietokone tekee tulkintoja siitä miltä materia näyttää atomien tasolla.

Laskentapalvelimilla olevat laskennallisen kemian ohjelmat tuottavat ison määrän numeroita, joita on vaikea tulkita ja ymmärtää ellei niitä voida pukea kuvalliseen muotoon. gOpenMol -työkalupakin avulla voi kuvata molekyylejä erilaisin tavoin tikkumalleista aina pallomalleihin.

Mahdollista omien osien lisääminen ohjelmaan

- gOpenMolissa käytetään tehokasta Tcl/Tk -ohjelmointikieltä, joka mahdollistaa omien osien lisäämistä ohjelmaan tai käyttöliittymän muokkausta omien tarpeiden mukaiseksi, toteaa ohjelman rakentanut kehityspäällikkö Leif Laaksonen CSC:stä.

Laaksosen mukaan gOpenMol -työkalupakki on helposti muokattavissa ja laajennettavissa vastaamaan omia käyttötarpeita. Tämän takia monet tutkijat käyttävät ohjelmaa omien laskennallisten ohjelmiensa visualisointi- ja analysointityökaluna.

gOpenMol-ohjelmaa voivat käyttää ilmaiseksi niin korkeakoulujen kuin teollisuuden edustajat. Ohjelman lähdekoodi jaetaan ohjelman mukana. Mutta ohjelmaa ei voi jakaa eteenpäin ansaintamallilla. Ohjelman tekijänoikeudet ovat Leif Laaksosella.

CSC on opetusministeriön omistama tieteen tietotekniikan keskus. Tutkijat voivat käyttää CSC:ssä sijaitsevia Suomen laajinta tieteellisten ohjelmistojen ja tieteen tietokantojen valikoimaa sekä Suomen tehokkainta superlaskentaympäristöä CSC:n ylläpitämien Funet-tietoliikenneyhteyksien kautta.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Vettel ja Räikkönen eturiviin Venäjän F1-kisassa – huikea trilleri aika-ajoissa!

    2. 2

      Ihminen kuoli pudottuaan jyrkänteeltä Vihdissä – paikalla olleille kriisiapua

    3. 3

      Ihminen syttyi tuleen Kampin yleisessä vessassa

    4. 4

      Sofia Belórf sai Sara Siepiltä neuvoja sinkkuuteen – fitnesskaunotar kauhistui nykysinkkujen menosta: ”Olen kysynyt, onko tämä normaalia?”

    5. 5

      Espoolainen huippujohtaja alkoi vierailla tätinsä luona epäilyttävän usein – harvinaisen härski temppu paljastui

    6. 6

      Mailis, Viivi, Anna, Susanna... Kuka kaunottarista on kaikkien aikojen upein vappudaami?

    7. 7

      IS:n vapputietovisa: Jos saat yli 5 oikein, sinulla on hyvä yleissivistys

    8. 8

      Helsingin poliisi varautunut vappuna jopa terrorin varalta – rekkaesteitä keskustan tuntumaan

    9. 9

      Punoittaako naamasi muutaman lasillisen jälkeen? Oire voi kertoa riskistä sairastua

    10. 10

      Lotta Näkyvä julkaisi poikkeuksellisen rohkean vappukuvan – kiusoittelee niukassa uimapuvussa: ”Housut eivät ole välttämättömät”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Virtsa värjäsi taloyhtiön uudet parvekelasit keltaisiksi – syyksi paljastui yläkerrassa asuva opiskelijatyttö

    2. 2

      IS:n vapputietovisa: Jos saat yli 5 oikein, sinulla on hyvä yleissivistys

    3. 3

      Espoolainen huippujohtaja alkoi vierailla tätinsä luona epäilyttävän usein – harvinaisen härski temppu paljastui

    4. 4

      Kadonnutta 7-vuotiasta Aleksi-poikaa etsittiin läpi yön Kouvolassa – löytyi hyväkuntoisena

    5. 5

      Mies vei tavarataloon 22 000 euroa muovikassissa – oletti rahojen päätyvän tulevalle morsiamelleen

    6. 6

      Tuhannen tölkin olutpaketti muuttui vitsistä todeksi – menekki yllätti panimon täysin

    7. 7

      Sääkartta loimuaa vaarallisen myrskyn varoituksista – Juha Föhr: ”Helsingissäkin voi tulla ihan reilusti lunta ”

    8. 8

      Hyvän mielen lappu porraskäytävässä nosti taloyhtiön tunnelmaa: näyttelijä ilmoitti 90-vuotisjuhlistaan – ”voi kuulua meteliä”

    9. 9

      Ihminen syttyi tuleen Kampin yleisessä vessassa

    10. 10

      Povipommi Katie Price jätti 9-vuotiaan tyttärensä lentokentälle ja lähti lomalle: ”Jouduin tekemään valinnan”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Virtsa värjäsi taloyhtiön uudet parvekelasit keltaisiksi – syyksi paljastui yläkerrassa asuva opiskelijatyttö

    2. 2

      Tilasto paljastaa: Yleisin naisen nimi Suomessa on jättiyllätys!

    3. 3

      Suihkuun aamulla vai illalla? Asiantuntijoilla on selkeä vastaus

    4. 4

      IS:n vapputietovisa: Jos saat yli 5 oikein, sinulla on hyvä yleissivistys

    5. 5

      Poliisi avautuu harvinaisen järkyttävästä tehtävästä: nainen oli jo pilkullinen

    6. 6

      Minea Blomqvist purskahtaa itkuun tv:ssä – ehkäisy petti yllättäen matkalla

    7. 7

      Kolarissa kuolleiden kaksospoikien äiti joutui käymään tragedian uudelleen läpi: ”Emme tule tästä selviämään koskaan”

    8. 8

      Tuttava Hirvensalmen tragedian taustoista: Perheenisä puhui avoimesti vaikeuksistaan

    9. 9

      Samantha sai 14-vuotiaana tietää hirvittävimmän mahdollisen totuuden isänsä teoista – asia paljastui googlatessa

    10. 10

      Espoolainen huippujohtaja alkoi vierailla tätinsä luona epäilyttävän usein – harvinaisen härski temppu paljastui

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Vettel ja Räikkönen eturiviin Venäjän F1-kisassa – huikea trilleri aika-ajoissa!

    2. 2

      Ihminen kuoli pudottuaan jyrkänteeltä Vihdissä – paikalla olleille kriisiapua

    3. 3

      Ihminen syttyi tuleen Kampin yleisessä vessassa

    4. 4

      Sofia Belórf sai Sara Siepiltä neuvoja sinkkuuteen – fitnesskaunotar kauhistui nykysinkkujen menosta: ”Olen kysynyt, onko tämä normaalia?”

    5. 5

      Espoolainen huippujohtaja alkoi vierailla tätinsä luona epäilyttävän usein – harvinaisen härski temppu paljastui

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Virtsa värjäsi taloyhtiön uudet parvekelasit keltaisiksi – syyksi paljastui yläkerrassa asuva opiskelijatyttö

    2. 2

      IS:n vapputietovisa: Jos saat yli 5 oikein, sinulla on hyvä yleissivistys

    3. 3

      Espoolainen huippujohtaja alkoi vierailla tätinsä luona epäilyttävän usein – harvinaisen härski temppu paljastui

    4. 4

      Kadonnutta 7-vuotiasta Aleksi-poikaa etsittiin läpi yön Kouvolassa – löytyi hyväkuntoisena

    5. 5

      Mies vei tavarataloon 22 000 euroa muovikassissa – oletti rahojen päätyvän tulevalle morsiamelleen

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Virtsa värjäsi taloyhtiön uudet parvekelasit keltaisiksi – syyksi paljastui yläkerrassa asuva opiskelijatyttö

    2. 2

      Tilasto paljastaa: Yleisin naisen nimi Suomessa on jättiyllätys!

    3. 3

      Suihkuun aamulla vai illalla? Asiantuntijoilla on selkeä vastaus

    4. 4

      IS:n vapputietovisa: Jos saat yli 5 oikein, sinulla on hyvä yleissivistys

    5. 5

      Poliisi avautuu harvinaisen järkyttävästä tehtävästä: nainen oli jo pilkullinen

    6. Näytä lisää