Digitoday

CSC tarjoaa mallinnusohjelmaa testikäyttöön

Julkaistu: , Päivitetty:

Tieteen tietotekniikan keskus CSC tarjoaa suomalaisille tutkijoille vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin mallinnusympäristön, jonka nimi on Maestro.
CSC:n mukaan Maestro voidaan asentaa omalle Linux- tai Windows-työasemalle tai sitä voidaan käytttää CSC:n Hippu -palvelimelta. Maestro on pääasiassa tarkoitettu lääkesuunnitteluun, mutta soveltuu myös muuhun kemian mallinnukseen.

Vuonna 2009 CSC:n tarjoaa avoimen kansallisen lisenssin useaan eri molekyylimallinnusohjelmistoon. Toinen kaikille akateemisille käyttäjille avoin mallinnusympäristö on Accelrysin Materials Studio ja Discovery Studio. Konsortiojäsenille tarjotaan lisäksi Triposin Sybyl-ohjelmistoa.

Schrödinger
ja Maestro


CSC on hankkinut vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin Maestro -proteiinimallitusympäristön. Hankinnan taustalla ovat useilta tutkijoilta tulleet ehdotukset Maestron lisäämisestä CSC:n ohjelmistovalikoimaan.

Maestro on samankaltainen mallinnusympäristö kuin esimerkiksi Accelrysin Discovery Studio tai Triposin Sybyl. Se sisältää useita ohjelmamoduleja proteiinimallinnukseen ja lääkeainesuunnitteluun, joita kaikkia voidaan hallita yhdellä käyttöliittymällä. Ohjelman vahvuuksia ovat telakointiohjelma Glide, QM/MM laskentaa hyödyntävä Qsite sekä uusi hyvin skaalautuva molekyylidynamiikkaohjelmisto Desmond.

Maestro voidaan asentaa tutkijoiden omiin Linux- ja Windows-koneisiin ja klustereihin. Tämän lisäksi se löytyy myös CSC:n uuteen sovelluspalvelimesta, hippu.csc.fi, josta sitä voi käyttää graafisella x-yhteydellä. Hippu avataan asiakaskäyttöön alkuvuodesta 2009.

Käyttäjäpalaute
on tärkeää


Maestro-ohjelmisto on vuonna 2009 vasta koekäytössä. Lisenssi on CSC:n mukaan kooltaan rajoitettu, mutta antaa silti suomalaisille tutkijoille mahdollisuuden hyödyntää ohjelmiston kaikkia toimintoja. Vuoden 2009 alkupuolella järjestetään Webex-koulutustilaisuuksia ohjelmiston tehokkaan käyttöönoton nopeuttamiseksi. Myöhemmin keväällä Schrödingerin asiantuntijat saapuvat Suomeen pitämään halutuista aiheista hands-on koulutustilaisuuksia.


Scrödinger-ohjelmiston mahdollinen tuleva lisenssi päätetään vuoden 2009 aikana saadun käyttäjäpalautteen ja ohjelmiston käyttöasteen perusteella. Schrödinger-paketin tuominen CSC:n lisenssivalikoimaan pysyvästi tarkoittaa todennäköisesti lisenssien karsimista muiden mallinnusohjelmistojen osalta. CSC:n tavoite on tarjota suomalaisille tutkijoille keskitetysti parhaat saatavilla olevat mallinnustyökalut tehokkaan tutkimuksen tekemiseen.

Lisätietoja Maestron moduleista ja ominaisuuksista löytyy Schrödingerin www-sivuilta: http://www.schrodinger.com

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Turun puukotuksista epäilty alkoi puhua – poliisi kertoo, miksi Turun puukotuksia tutkitaan terroritekoina

    2. 2

      Vakava puukotus Järvenpäässä – uhri toimitettiin sairaalaan

    3. 3

      Terroristit valitsevat uhreiksi nimenomaan naisia – tutkija selittää, mistä on kysymys

    4. 4

      Martina Aitolehti säteilee onnea Stefan-rakkaansa rinnalla – näyttävä pari ihastuttaa: ”Näytät onnelliselta”

    5. 5

      Mohammedi näki Turun puukottajan juoksevan pitkä veitsi kädessä – ”Oli vain 20 sekunnista kiinni, että olisin voinut pysäyttää hänet”

    6. 6

      Työpari todisti vierestä Jehovan todistaja -naisen surman Turun puukkoiskussa

    7. 7

      Suurhyökkäys Isisiä vastaan alkoi Tal Afarissa – äärijärjestölle uhkaava viesti: ”Antautukaa tai kuolkaa”

    8. 8

      Lehti: Lastenrattaita työntänyt Turun uhri oli juuri tullut Italiasta vauvansa kastejuhlasta

    9. 9

      Helikopteri osui sähkölinjaan ja räjähti Portugalissa – lentäjä kuoli

    10. 10

      Tulosmanipulaatioepäily jääkiekon MM-kisoissa – epäiltyjä uhkaa vuosien vankeus

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Video: Torimyyjä Arya, 24, ajoi Turun puukotuksista epäiltyä takaa pesäpallomailan kanssa

    2. 2

      Lehti: Lastenrattaita työntänyt Turun uhri oli juuri tullut Italiasta vauvansa kastejuhlasta

    3. 3

      Mies lähti viettämään railakasta viikonloppua uusien kavereiden kanssa – karu totuus paljastui maanantaina, kun poliisi soitti

    4. 4

      Kommentti: Eläkkeelle jäävä mies tienaa enemmän kuin lähihoitaja – 3 kuvaa kertoo, miksi Suomi on pulassa

    5. 5

      Puukotuksista epäillyn erikoinen käytös pizzeriassa herätti ihmetystä – ”Hän näytti olevan sulkeutunut omaan kuoreensa”

    6. 6

      Hassan, 45, asettui hengenvaaraan auttaessaan puukotettua: ”En voi kääntää katsettani ja antaa naisen maata maassa”

    7. 7

      Työpari todisti vierestä Jehovan todistaja -naisen surman Turun puukkoiskussa

    8. 8

      KRP: Turun puukkoiskusta epäiltyä päästy kuulemaan

    9. 9

      Vakava puukotus Järvenpäässä – uhri toimitettiin sairaalaan

    10. 10

      Poliisi julkisti uutta tietoa Turun tapauksesta – lisää kotietsintöjä Runosmäessä, epäiltyä ei ole päästy kuulemaan

    11. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi Turun tapahtumia hetki hetkeltä: Vaaratiedotetta ei ehditty lähettää, presidentti Niinistö otti osaa suruun

    2. 2

      Silminnäkijät kertovat: Veitsellä aseistautunut mies hyökkäsi silmittömästi Turussa – ”puukotti lastenvaunujen kanssa liikkunutta naista”

    3. 3

      Terroristit suunnittelivat vielä suurempaa iskua Barcelonassa – poliisi arvelee 17-vuotiaan päätekijän kuolleen

    4. 4

      Poliisin Turussa tekemä kiinniotto tallentui videolle – silminnäkijä: poliisit pitivät epäiltyä maassa

    5. 5

      Vesa näki puukkomiehen raa’an hyökkäyksen Turussa – ”Huusin niin kovaa kuin jaksoin”

    6. 6

      Kuva: Tässä viedään Turun epäiltyä puukottajaa – tämä kaikki tapahtumista tiedetään nyt

    7. 7

      Video: Torimyyjä Arya, 24, ajoi Turun puukotuksista epäiltyä takaa pesäpallomailan kanssa

    8. 8

      Mies lähti viettämään railakasta viikonloppua uusien kavereiden kanssa – karu totuus paljastui maanantaina, kun poliisi soitti

    9. 9

      Larisa näki Turun julman hyökkäyksen vierestä – lohdutti puukotetun naisen pientä lasta

    10. 10

      25 kuvaa: Rajuilman jäljet – tällaista tuhoa Suomessa riehunut ”Kiira” sai aikaan

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Turun puukotuksista epäilty alkoi puhua – poliisi kertoo, miksi Turun puukotuksia tutkitaan terroritekoina

    2. 2

      Vakava puukotus Järvenpäässä – uhri toimitettiin sairaalaan

    3. 3

      Terroristit valitsevat uhreiksi nimenomaan naisia – tutkija selittää, mistä on kysymys

    4. 4

      Martina Aitolehti säteilee onnea Stefan-rakkaansa rinnalla – näyttävä pari ihastuttaa: ”Näytät onnelliselta”

    5. 5

      Mohammedi näki Turun puukottajan juoksevan pitkä veitsi kädessä – ”Oli vain 20 sekunnista kiinni, että olisin voinut pysäyttää hänet”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Video: Torimyyjä Arya, 24, ajoi Turun puukotuksista epäiltyä takaa pesäpallomailan kanssa

    2. 2

      Lehti: Lastenrattaita työntänyt Turun uhri oli juuri tullut Italiasta vauvansa kastejuhlasta

    3. 3

      Mies lähti viettämään railakasta viikonloppua uusien kavereiden kanssa – karu totuus paljastui maanantaina, kun poliisi soitti

    4. 4

      Kommentti: Eläkkeelle jäävä mies tienaa enemmän kuin lähihoitaja – 3 kuvaa kertoo, miksi Suomi on pulassa

    5. 5

      Puukotuksista epäillyn erikoinen käytös pizzeriassa herätti ihmetystä – ”Hän näytti olevan sulkeutunut omaan kuoreensa”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi Turun tapahtumia hetki hetkeltä: Vaaratiedotetta ei ehditty lähettää, presidentti Niinistö otti osaa suruun

    2. 2

      Silminnäkijät kertovat: Veitsellä aseistautunut mies hyökkäsi silmittömästi Turussa – ”puukotti lastenvaunujen kanssa liikkunutta naista”

    3. 3

      Terroristit suunnittelivat vielä suurempaa iskua Barcelonassa – poliisi arvelee 17-vuotiaan päätekijän kuolleen

    4. 4

      Poliisin Turussa tekemä kiinniotto tallentui videolle – silminnäkijä: poliisit pitivät epäiltyä maassa

    5. 5

      Vesa näki puukkomiehen raa’an hyökkäyksen Turussa – ”Huusin niin kovaa kuin jaksoin”

    6. Näytä lisää