Digitoday

Valikko

CSC tarjoaa mallinnusohjelmaa testikäyttöön

Tieteen tietotekniikan keskus CSC tarjoaa suomalaisille tutkijoille vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin mallinnusympäristön, jonka nimi on Maestro.
CSC:n mukaan Maestro voidaan asentaa omalle Linux- tai Windows-työasemalle tai sitä voidaan käytttää CSC:n Hippu -palvelimelta. Maestro on pääasiassa tarkoitettu lääkesuunnitteluun, mutta soveltuu myös muuhun kemian mallinnukseen.

Vuonna 2009 CSC:n tarjoaa avoimen kansallisen lisenssin useaan eri molekyylimallinnusohjelmistoon. Toinen kaikille akateemisille käyttäjille avoin mallinnusympäristö on Accelrysin Materials Studio ja Discovery Studio. Konsortiojäsenille tarjotaan lisäksi Triposin Sybyl-ohjelmistoa.

Schrödinger
ja Maestro


CSC on hankkinut vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin Maestro -proteiinimallitusympäristön. Hankinnan taustalla ovat useilta tutkijoilta tulleet ehdotukset Maestron lisäämisestä CSC:n ohjelmistovalikoimaan.

Maestro on samankaltainen mallinnusympäristö kuin esimerkiksi Accelrysin Discovery Studio tai Triposin Sybyl. Se sisältää useita ohjelmamoduleja proteiinimallinnukseen ja lääkeainesuunnitteluun, joita kaikkia voidaan hallita yhdellä käyttöliittymällä. Ohjelman vahvuuksia ovat telakointiohjelma Glide, QM/MM laskentaa hyödyntävä Qsite sekä uusi hyvin skaalautuva molekyylidynamiikkaohjelmisto Desmond.

Maestro voidaan asentaa tutkijoiden omiin Linux- ja Windows-koneisiin ja klustereihin. Tämän lisäksi se löytyy myös CSC:n uuteen sovelluspalvelimesta, hippu.csc.fi, josta sitä voi käyttää graafisella x-yhteydellä. Hippu avataan asiakaskäyttöön alkuvuodesta 2009.

Käyttäjäpalaute
on tärkeää


Maestro-ohjelmisto on vuonna 2009 vasta koekäytössä. Lisenssi on CSC:n mukaan kooltaan rajoitettu, mutta antaa silti suomalaisille tutkijoille mahdollisuuden hyödyntää ohjelmiston kaikkia toimintoja. Vuoden 2009 alkupuolella järjestetään Webex-koulutustilaisuuksia ohjelmiston tehokkaan käyttöönoton nopeuttamiseksi. Myöhemmin keväällä Schrödingerin asiantuntijat saapuvat Suomeen pitämään halutuista aiheista hands-on koulutustilaisuuksia.


Scrödinger-ohjelmiston mahdollinen tuleva lisenssi päätetään vuoden 2009 aikana saadun käyttäjäpalautteen ja ohjelmiston käyttöasteen perusteella. Schrödinger-paketin tuominen CSC:n lisenssivalikoimaan pysyvästi tarkoittaa todennäköisesti lisenssien karsimista muiden mallinnusohjelmistojen osalta. CSC:n tavoite on tarjota suomalaisille tutkijoille keskitetysti parhaat saatavilla olevat mallinnustyökalut tehokkaan tutkimuksen tekemiseen.

Lisätietoja Maestron moduleista ja ominaisuuksista löytyy Schrödingerin www-sivuilta: http://www.schrodinger.com

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Ilveksen valmentaja luuli pelin ratkenneen – joutui kääntymään pukukopilta takaisin: ”En ymmärrä vieläkään”

    2. 2

      Artistit jäätyvät täysin kesken Bumtsibumin toisen jakson – ”Ei voi olla totta!”

    3. 3

      Iso koira hyökkäsi Mynämäellä – kaatoi omistajan ja raateli Manu-koiran kuoliaaksi: ”Äiti huusi ihan shokissa”

    4. 4

      Neuvostoliiton peitelty säteilyturma paljastui – Tšernobyliakin tuhoisampi onnettomuus salattiin sairastuneilta

    5. 5

      Imatralaisen Pian mies suuntaa Samantha Foxin Nilsiän-keikalle – naiset näreissään: ”Olis hänellä kotonakin joku, joka voisi pitää show’n...”

    6. 6

      Jalokivikaupan ryöstö ja tulitaistelu Monte Carlossa: ryöstäjät järjestivät harhautuksen F1-kisoista tuttuun tunneliin

    7. 7

      Tarja Halosen ex-kumppani menehtyi – Hymy: Kari Pekkonen suunnitteli kesähäitä

    8. 8

      Tosi-tv-tähden herttainen perhekuva aiheutti somemyrskyn – 2-vuotiaan tyttären juomapullo herättää närkästystä

    9. 9

      6 asiaa, joita moni häpeää seksissä – aivan turhaan

    10. 10

      Haluatko miljonääriksi -kisaaja vastaa varmin elkein 1000 euron kysymykseen – Jaajolta ilmeetön tuijotus väärään vastaukseen

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Tangokuningatar Heidi Pakarinen löysi vieraan naisen kotoaan – murtuu kyyneliin muistosta: ”Se oli kerrasta finito”

    2. 2

      Narisija valitti 5 pennin virheestä – 44 vuotta taloyhtiöiden hallituksissa istunut Eila iski takaisin

    3. 3

      Pilvi Hämäläiselle kävi hillitön asumoka – saapui Jussi-gaalaan Aina Inkerin polvisukissa: ”En muistanut, että mulla on halkio”

    4. 4

      Sebastian Vettel murjaisi Suomi-vitsin – yleisö remahti nauruun

    5. 5

      Teinityttö tahtoi tehdä poikaystävänsä mustasukkaiseksi – onko tämä jo liian huomionhakuista?

    6. 6

      Nainen laittoi hulinaksi Prismassa – taltutettiin käsiraudoilla

    7. 7

      Teuvo Loman: Kihlat! Julkaisi kuvan onnenhetkestä

    8. 8

      Mikroaaltouuni on yksi keittiön pahimmista törkypesistä – Näin teet näppärän tehopesun

    9. 9

      Kokki Henri Alénin vakavahenkinen addiktio kävi ravintolalle kalliiksi

    10. 10

      Kommentti: Trumpin bluffi paljastui nololla tavalla – voittamisen kuningas ratsastaa nyt tappiosta toiseen

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Pesukoneen takaa tuli hirveä haju – huoltomiehen löytö kertoo karua kieltä suomalaisten uusavuttomuudesta

    2. 2

      11 kyytä köllötteli rinteessä – asiantuntija kertoo, kuinka käärmeistä pääsee eroon: ”Se ei tule ikinä takaisin”

    3. 3

      Uusi ennuste: Poikkeuksellinen lämpöaalto vyöryy Suomeen – keskimäärin vain noin kolme kertaa sadassa vuodessa

    4. 4

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    5. 5

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    6. 6

      Teinityttö tervehti tuntematonta miestä koulumatkalla – siitä käynnistyi painajainen

    7. 7

      Suomen tunnetuin bordelli pyöri Riihimäellä – rattohotelli Bonanzan henkilökunnalla suora ohje lapsiperheiden varalle

    8. 8

      IS seurasi tapahtumien etenemistä: Terrori-isku parlamentin luona Lontoossa – 4 kuoli

    9. 9

      Teinityttö julkaisi hervottoman kuvaparin äidistään kostean illanvieton jälkeen – kiusallinen kuva villitsee somessa: ”Lauantai ja sunnuntai”

    10. 10

      Uusi kansantauti? ”Sairastuneita on Suomessa nyt noin 44 000, ja joka vuosi reilut 2000 sairastuu”

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Ilveksen valmentaja luuli pelin ratkenneen – joutui kääntymään pukukopilta takaisin: ”En ymmärrä vieläkään”

    2. 2

      Artistit jäätyvät täysin kesken Bumtsibumin toisen jakson – ”Ei voi olla totta!”

    3. 3

      Iso koira hyökkäsi Mynämäellä – kaatoi omistajan ja raateli Manu-koiran kuoliaaksi: ”Äiti huusi ihan shokissa”

    4. 4

      Neuvostoliiton peitelty säteilyturma paljastui – Tšernobyliakin tuhoisampi onnettomuus salattiin sairastuneilta

    5. 5

      Imatralaisen Pian mies suuntaa Samantha Foxin Nilsiän-keikalle – naiset näreissään: ”Olis hänellä kotonakin joku, joka voisi pitää show’n...”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Tangokuningatar Heidi Pakarinen löysi vieraan naisen kotoaan – murtuu kyyneliin muistosta: ”Se oli kerrasta finito”

    2. 2

      Narisija valitti 5 pennin virheestä – 44 vuotta taloyhtiöiden hallituksissa istunut Eila iski takaisin

    3. 3

      Pilvi Hämäläiselle kävi hillitön asumoka – saapui Jussi-gaalaan Aina Inkerin polvisukissa: ”En muistanut, että mulla on halkio”

    4. 4

      Sebastian Vettel murjaisi Suomi-vitsin – yleisö remahti nauruun

    5. 5

      Teinityttö tahtoi tehdä poikaystävänsä mustasukkaiseksi – onko tämä jo liian huomionhakuista?

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Pesukoneen takaa tuli hirveä haju – huoltomiehen löytö kertoo karua kieltä suomalaisten uusavuttomuudesta

    2. 2

      11 kyytä köllötteli rinteessä – asiantuntija kertoo, kuinka käärmeistä pääsee eroon: ”Se ei tule ikinä takaisin”

    3. 3

      Uusi ennuste: Poikkeuksellinen lämpöaalto vyöryy Suomeen – keskimäärin vain noin kolme kertaa sadassa vuodessa

    4. 4

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    5. 5

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    6. Näytä lisää