Digitoday

CSC tarjoaa mallinnusohjelmaa testikäyttöön

Julkaistu: , Päivitetty:

Tieteen tietotekniikan keskus CSC tarjoaa suomalaisille tutkijoille vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin mallinnusympäristön, jonka nimi on Maestro.
CSC:n mukaan Maestro voidaan asentaa omalle Linux- tai Windows-työasemalle tai sitä voidaan käytttää CSC:n Hippu -palvelimelta. Maestro on pääasiassa tarkoitettu lääkesuunnitteluun, mutta soveltuu myös muuhun kemian mallinnukseen.

Vuonna 2009 CSC:n tarjoaa avoimen kansallisen lisenssin useaan eri molekyylimallinnusohjelmistoon. Toinen kaikille akateemisille käyttäjille avoin mallinnusympäristö on Accelrysin Materials Studio ja Discovery Studio. Konsortiojäsenille tarjotaan lisäksi Triposin Sybyl-ohjelmistoa.

Schrödinger
ja Maestro


CSC on hankkinut vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin Maestro -proteiinimallitusympäristön. Hankinnan taustalla ovat useilta tutkijoilta tulleet ehdotukset Maestron lisäämisestä CSC:n ohjelmistovalikoimaan.

Maestro on samankaltainen mallinnusympäristö kuin esimerkiksi Accelrysin Discovery Studio tai Triposin Sybyl. Se sisältää useita ohjelmamoduleja proteiinimallinnukseen ja lääkeainesuunnitteluun, joita kaikkia voidaan hallita yhdellä käyttöliittymällä. Ohjelman vahvuuksia ovat telakointiohjelma Glide, QM/MM laskentaa hyödyntävä Qsite sekä uusi hyvin skaalautuva molekyylidynamiikkaohjelmisto Desmond.

Maestro voidaan asentaa tutkijoiden omiin Linux- ja Windows-koneisiin ja klustereihin. Tämän lisäksi se löytyy myös CSC:n uuteen sovelluspalvelimesta, hippu.csc.fi, josta sitä voi käyttää graafisella x-yhteydellä. Hippu avataan asiakaskäyttöön alkuvuodesta 2009.

Käyttäjäpalaute
on tärkeää


Maestro-ohjelmisto on vuonna 2009 vasta koekäytössä. Lisenssi on CSC:n mukaan kooltaan rajoitettu, mutta antaa silti suomalaisille tutkijoille mahdollisuuden hyödyntää ohjelmiston kaikkia toimintoja. Vuoden 2009 alkupuolella järjestetään Webex-koulutustilaisuuksia ohjelmiston tehokkaan käyttöönoton nopeuttamiseksi. Myöhemmin keväällä Schrödingerin asiantuntijat saapuvat Suomeen pitämään halutuista aiheista hands-on koulutustilaisuuksia.


Scrödinger-ohjelmiston mahdollinen tuleva lisenssi päätetään vuoden 2009 aikana saadun käyttäjäpalautteen ja ohjelmiston käyttöasteen perusteella. Schrödinger-paketin tuominen CSC:n lisenssivalikoimaan pysyvästi tarkoittaa todennäköisesti lisenssien karsimista muiden mallinnusohjelmistojen osalta. CSC:n tavoite on tarjota suomalaisille tutkijoille keskitetysti parhaat saatavilla olevat mallinnustyökalut tehokkaan tutkimuksen tekemiseen.

Lisätietoja Maestron moduleista ja ominaisuuksista löytyy Schrödingerin www-sivuilta: http://www.schrodinger.com

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      HS: 21-vuotias suomalaisnainen sai superbakteerin unelmalomaltaan: ”En enää pysty rakastelemaan ilman kipua”

    2. 2

      Susannan rajut oireet alkoivat heti muuton jälkeen: Syy valkeni äkkiä aamupalapöydässä – ja se oli vasta alkua

    3. 3

      Sara Forsbergin shokeeraava tempaus: ajoi päänsä kaljuksi videolla – oliko entinen tyyli parempi?

    4. 4

      Ruotsalainen asiantuntija pöyristyi yhdestä seikasta dopingtuomion saaneen Johaugin esiintyessä tv-kameroille

    5. 5

      Kimi Räikkönen yllätettiin suomalaisessa karaokebaarissa: ”Kesti vähän aikaa, kun hän mietti, mikä se on”

    6. 6

      Näin keksijä-Madsen puhui poliisille heti sukellusveneestä pelastumisen jälkeen – sanat tallentuivat Tanskan tv:n videolle

    7. 7

      Enontekiöllä surmatun opaskaveri näki syytetyn tshekin liikkuvan pihalla: ”Hän oli kuin sokean raivon vallassa”

    8. 8

      Pariskunnan häämatkasta täysi fiasko: Vaimo kumosi kolme viinipulloa taksimatkalla kentälle – uskomaton tapahtumaketju hämmentää

    9. 9

      Tämän takia laulajatähti Robin, 19, päätti jäädä tauolle – ”Elämäni vaikein päätös”

    10. 10

      Toni Nieminen palasi koulun penkille 27 vuoden tauon jälkeen – kaikille tutusta kotityöstä on tulossa ammatti

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Sukellusvene­mysteeri: DNA-testi varmisti uhrin henkilöllisyyden, tanskalaiskeksijä helpottui tuloksista

    2. 2

      Pariskunnan häämatkasta täysi fiasko: Vaimo kumosi kolme viinipulloa taksimatkalla kentälle – uskomaton tapahtumaketju hämmentää

    3. 3

      Mariah Carey, 47, viehkeänä topless-otoksessa – jäi kiinni nolosta Photoshop-mokasta: Keikkakuvat kertovat totuuden

    4. 4

      Ensin suomalais­sotilas teloitti vangitun naisradistin, sitten eversti antoi tyrmistystä herättäneen käskyn – uutuuskirja kertoo rajusta tapauksesta jatkosodassa

    5. 5

      Saksan BB-kaunottaret hätkähdyttivät tv-ruudussa – jopa Britannian versio jää varjoon: Naisen tausta vetää mykäksi

    6. 6

      Latinokaunotar Jennifer Lopezin, 48, kimaltava esiintymisasu lumoaa – kerää ylistystä: ”Täydellinen vartalo”

    7. 7

      Lauri Ylönen myy Sipoon-kotiaan lähes 4 miljoonalla eurolla – katso kuvat 330 neliön luksuslukaalista

    8. 8

      Annoitko lapselle vahingossa trendinimen? HS: Nämä nimet ovat nyt nousussa

    9. 9

      Kurkkaa suuhun, tarkista kynnet: 6 outoa kehon merkkiä, jotka voivat paljastaa sairauden

    10. 10

      190 matkaajaa luuli pääsevänsä paratiisisaarelle, jäivätkin jumiin Vantaalle – tuore sulho: ”Honeymoon on aika helvetin kaukana”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi Turun tapahtumia hetki hetkeltä: Vaaratiedotetta ei ehditty lähettää, presidentti Niinistö otti osaa suruun

    2. 2

      Silminnäkijät kertovat: Veitsellä aseistautunut mies hyökkäsi silmittömästi Turussa – ”puukotti lastenvaunujen kanssa liikkunutta naista”

    3. 3

      Poliisin Turussa tekemä kiinniotto tallentui videolle – silminnäkijä: poliisit pitivät epäiltyä maassa

    4. 4

      Terroristit suunnittelivat vielä suurempaa iskua Barcelonassa – poliisi arvelee 17-vuotiaan päätekijän kuolleen

    5. 5

      Video: Torimyyjä Arya, 24, ajoi Turun puukotuksista epäiltyä takaa pesäpallomailan kanssa

    6. 6

      Vesa näki puukkomiehen raa’an hyökkäyksen Turussa – ”Huusin niin kovaa kuin jaksoin”

    7. 7

      Kuva: Tässä viedään Turun epäiltyä puukottajaa – tämä kaikki tapahtumista tiedetään nyt

    8. 8

      Mies lähti viettämään railakasta viikonloppua uusien kavereiden kanssa – karu totuus paljastui maanantaina, kun poliisi soitti

    9. 9

      4-vuotias kertoi äidilleen nähneensä lenkillä ”isin vaimon” – ”Ilmeeni oli varmaan näkemisen arvoinen”

    10. 10

      Lehti: Lastenrattaita työntänyt Turun uhri oli juuri tullut Italiasta vauvansa kastejuhlasta

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      HS: 21-vuotias suomalaisnainen sai superbakteerin unelmalomaltaan: ”En enää pysty rakastelemaan ilman kipua”

    2. 2

      Susannan rajut oireet alkoivat heti muuton jälkeen: Syy valkeni äkkiä aamupalapöydässä – ja se oli vasta alkua

    3. 3

      Sara Forsbergin shokeeraava tempaus: ajoi päänsä kaljuksi videolla – oliko entinen tyyli parempi?

    4. 4

      Ruotsalainen asiantuntija pöyristyi yhdestä seikasta dopingtuomion saaneen Johaugin esiintyessä tv-kameroille

    5. 5

      Kimi Räikkönen yllätettiin suomalaisessa karaokebaarissa: ”Kesti vähän aikaa, kun hän mietti, mikä se on”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Sukellusvene­mysteeri: DNA-testi varmisti uhrin henkilöllisyyden, tanskalaiskeksijä helpottui tuloksista

    2. 2

      Pariskunnan häämatkasta täysi fiasko: Vaimo kumosi kolme viinipulloa taksimatkalla kentälle – uskomaton tapahtumaketju hämmentää

    3. 3

      Mariah Carey, 47, viehkeänä topless-otoksessa – jäi kiinni nolosta Photoshop-mokasta: Keikkakuvat kertovat totuuden

    4. 4

      Ensin suomalais­sotilas teloitti vangitun naisradistin, sitten eversti antoi tyrmistystä herättäneen käskyn – uutuuskirja kertoo rajusta tapauksesta jatkosodassa

    5. 5

      Saksan BB-kaunottaret hätkähdyttivät tv-ruudussa – jopa Britannian versio jää varjoon: Naisen tausta vetää mykäksi

    6. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi Turun tapahtumia hetki hetkeltä: Vaaratiedotetta ei ehditty lähettää, presidentti Niinistö otti osaa suruun

    2. 2

      Silminnäkijät kertovat: Veitsellä aseistautunut mies hyökkäsi silmittömästi Turussa – ”puukotti lastenvaunujen kanssa liikkunutta naista”

    3. 3

      Poliisin Turussa tekemä kiinniotto tallentui videolle – silminnäkijä: poliisit pitivät epäiltyä maassa

    4. 4

      Terroristit suunnittelivat vielä suurempaa iskua Barcelonassa – poliisi arvelee 17-vuotiaan päätekijän kuolleen

    5. 5

      Video: Torimyyjä Arya, 24, ajoi Turun puukotuksista epäiltyä takaa pesäpallomailan kanssa

    6. Näytä lisää