Digitoday

Valikko

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Julkaistu: , Päivitetty:

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Lähtisitkö tässä mekossa juhlimaan? Susanna Penttilän todella rohkea asuvalinta hämmentää: ”Eikö tuohon kuulu pikkupöksyjä lainkaan?”

    2. 2

      Juho Eerola: ainakin kaksi harkitsee vielä paluuta perussuomalaisiin

    3. 3

      Kim Kardashian joutui rajun tylytyksen kohteeksi salaa otettujen peppukuvien vuoksi – syyttää nyt paparazzeja kuvamanipuloinnista

    4. 4

      Poliisi epäilee: 73-vuotias surmattiin julmasti juhannuksena Helsingissä – uhrin liikkeistä pyydetään havaintoja

    5. 5

      Joka neljäs suomalainen on nautiskellut maksansa sairaaksi – kuulutko sinä tietämättäsi heihin?

    6. 6

      Löytyykö lantiostasi muodikas kurvi? Nyt halutaan ”viululanteet”

    7. 7

      Orpo: pakkoyhtiöittäminen rikkoo perustuslakia

    8. 8

      Entinen perussuomalainen tylyttää loikkareita: ”Edistävät punavihreiden pyrkimyksiä”

    9. 9

      Hausjärveltä löytyi neljän vainajan metsähauta – KRP kaipaa tietoa kummulla vierailleista

    10. 10

      PS-ryhmän jättäneeltä Veera Ruoholta suorat sanat Juvosen paluusta perussuomalaisiin: ”Niin kova houkutus ihmisille, että he eivät välitä edes puolueen huonosta maineesta”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Espoolainen Mia käveli aamulla bussipysäkille, kun huomion kiinnitti hautausmaalle kuuluva näky

    2. 2

      Povipommi esitteli astetta härskimpää alastonkuvaansa 2-vuotiaalle tyttärelleen – raju raivo syttyi

    3. 3

      Poliisi yritti ampua kimppuun käyneen koiran – laukaukset päättyivät murhenäytelmään

    4. 4

      Hausjärveltä löytyi neljän vainajan metsähauta – KRP kaipaa tietoa kummulla vierailleista

    5. 5

      Vaikea synnytys päättyi vauvan kuolemaan Hyksin alueella – Valvira: Hoito ei kaikilta osin asianmukaista

    6. 6

      Joka neljäs suomalainen on nautiskellut maksansa sairaaksi – kuulutko sinä tietämättäsi heihin?

    7. 7

      Festarikansa jätti jälkeensä täystuhon – sikailukuvat Glastonburyn festivaaleilta kertovat kaiken: siivouskulut yli 800 000 euroa

    8. 8

      Harvinainen yhteiskuva: Vappu Pimiä poseeraa upeana miehensä rinnalla hääjuhlissa – ”Pussailuloma”

    9. 9

      Tiesitkö ”salanappulasta”, jolla saat heti lisää tilaa lentokoneessa?

    10. 10

      10 tärkeää sääntöä satunnaista seksiä harrastavalle

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Naisen alastoman ruumiin vierestä löytyi kastikekauha, jonka hirvittävä tarkoitus selvisi pian poliisille – missä ovat heidän murhaajansa?

    2. 2

      Kesäyö innosti pariskunnan niin villiin seksiin, ettei tuhoilta vältytty – leirintäalueen johtaja kertoo näkymästä, joka ei unohdu

    3. 3

      Yksi tehtävä juhannusaatolta herätti kysymyksiä Hämeen poliisissa: ”Mitä ihmettä ihmisten mielessä liikkuu”

    4. 4

      Suomalaisseurueen kotimatka Kroatiasta tyssäsi, kun kännykkään kilahti viesti – ”Loput 120 seisoivat kentällä tumput suorina ja ihmettelivät”

    5. 5

      Martina Aitolehden kipujen syy selvisi: Lääkäriltä tyly tuomio – ”Kyyneleethän siinä pääsi”

    6. 6

      Pirullisen vaikea tarkkuustesti testaa hoksottimesi

    7. 7

      Entinen miljonääri luopui kaikesta ja muutti hökkeliin autiolle saarelle – 20 vuotta eikä ole katunut päivääkään

    8. 8

      Kris Jennerin paljastavasta salikuvasta löytyi nolo moka: kuvanmuokkaus meni pahasti pieleen – jopa fanit kritisoivat: ”Surullista!”

    9. 9

      Kotihälytyskeikalla odotti näky, joka riipaisi jopa vanhan sosiaalityöntekijän sydäntä – viranomaiset vetoavat juhannusjuhlijoihin

    10. 10

      Livelähetys Prisman kassahihnasta nousi megahitiksi – erityisesti eräs ostohetki synnytti villejäkin teorioita

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Lähtisitkö tässä mekossa juhlimaan? Susanna Penttilän todella rohkea asuvalinta hämmentää: ”Eikö tuohon kuulu pikkupöksyjä lainkaan?”

    2. 2

      Juho Eerola: ainakin kaksi harkitsee vielä paluuta perussuomalaisiin

    3. 3

      Kim Kardashian joutui rajun tylytyksen kohteeksi salaa otettujen peppukuvien vuoksi – syyttää nyt paparazzeja kuvamanipuloinnista

    4. 4

      Poliisi epäilee: 73-vuotias surmattiin julmasti juhannuksena Helsingissä – uhrin liikkeistä pyydetään havaintoja

    5. 5

      Joka neljäs suomalainen on nautiskellut maksansa sairaaksi – kuulutko sinä tietämättäsi heihin?

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Espoolainen Mia käveli aamulla bussipysäkille, kun huomion kiinnitti hautausmaalle kuuluva näky

    2. 2

      Povipommi esitteli astetta härskimpää alastonkuvaansa 2-vuotiaalle tyttärelleen – raju raivo syttyi

    3. 3

      Poliisi yritti ampua kimppuun käyneen koiran – laukaukset päättyivät murhenäytelmään

    4. 4

      Hausjärveltä löytyi neljän vainajan metsähauta – KRP kaipaa tietoa kummulla vierailleista

    5. 5

      Vaikea synnytys päättyi vauvan kuolemaan Hyksin alueella – Valvira: Hoito ei kaikilta osin asianmukaista

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Naisen alastoman ruumiin vierestä löytyi kastikekauha, jonka hirvittävä tarkoitus selvisi pian poliisille – missä ovat heidän murhaajansa?

    2. 2

      Kesäyö innosti pariskunnan niin villiin seksiin, ettei tuhoilta vältytty – leirintäalueen johtaja kertoo näkymästä, joka ei unohdu

    3. 3

      Yksi tehtävä juhannusaatolta herätti kysymyksiä Hämeen poliisissa: ”Mitä ihmettä ihmisten mielessä liikkuu”

    4. 4

      Suomalaisseurueen kotimatka Kroatiasta tyssäsi, kun kännykkään kilahti viesti – ”Loput 120 seisoivat kentällä tumput suorina ja ihmettelivät”

    5. 5

      Martina Aitolehden kipujen syy selvisi: Lääkäriltä tyly tuomio – ”Kyyneleethän siinä pääsi”

    6. Näytä lisää