Digitoday

Valikko

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      HS: Kahvi uhkaa loppua maailmasta, tilanne dramaattisen vakava – myös Suomen Paulig on huolissaan

    2. 2

      Yön uutiset: Katso mitä tapahtui, kun nukuit

    3. 3

      Teinitytöt legginseissä käännytettiin lähtöportilla, somemyrsky nousi USA:ssa – huippumalli Chrissy Teigen: ”Olen lentänyt ilman housuja”

    4. 4

      ”Maailman turvallisin” kolikko otetaan tänään käyttöön – siihen on piilotettu salainen ominaisuus

    5. 5

      Australiassa aavemainen tunnelma, syklonin tuhovoima tuntuu jo – ”Aivan kuin tavarajunia tulisi läpi vasemmalta ja oikealta”

    6. 6

      Autotehtaan 30 000 euron vuosipalkka herätti ihmetystä – näin Valmet Automotive vastaa

    7. 7

      Leo Komarov teki kiistanalaisen sopimuksen – ura Leijonissa vaakalaudalla

    8. 8

      Australian ”Jurassic Parkista” löytyi valtavia dinosaurusten jalanjälkiä

    9. 9

      Bikinipöksyt kokevat tänä kesänä muodonmuutoksen – pukisitko itse yllesi?

    10. 10

      Täällä asuvat Suomen tyytyväisimmät asukkaat – listalla uusi kärkikunta

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Bikinipöksyt kokevat tänä kesänä muodonmuutoksen – pukisitko itse yllesi?

    2. 2

      Vihreä Nissan lepää kyljellään Tornion keskustassa – poliisi kertoo, miksi ei puutu tapaukseen

    3. 3

      Salainen laatuvirhe paljastui omakotitalosta – lattiakaivon hinnaksi tuli lähes 40 000 euroa

    4. 4

      "Ei kai alapää ole hygieenisempi?" – julkisessa saunassa sattunut tapaus kuohuttaa taas HS:n mielipideosastossa

    5. 5

      Tässäkö Suomen raskaimmat ja stressaavimmat työt? Katso 30 ammatin lista

    6. 6

      Albinismia sairastavat kaksostytöt ihastuttavat malleina – poseeraavat nyt yhdessä tumman isosiskonsa kanssa

    7. 7

      Äiti kysyi, mistä uudet farkut kiristävät? 4-vuotiaan pojan ronski vastaus huvittaa

    8. 8

      Karu kuva rannalta kertoo, miksi sukeltaja etsi kahville lähteneitä pilkkijöitä – hoksaatko, mikä sitten herätti pelastajien huomion?

    9. 9

      Autotehtaan 30 000 euron vuosipalkka herätti ihmetystä – näin Valmet Automotive vastaa

    10. 10

      Jättimäinen tulipalo Vantaalla Kehä III:n tuntumassa, sammutustyöt kestävät koko päivän – ”Liikennettä haittaavaa savunmuodostusta”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Merkel tyrmistyi ”hävyttömästä” tempusta – Trump ojensi 350 miljardin laskun

    2. 2

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    3. 3

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    4. 4

      Teinityttö tervehti tuntematonta miestä koulumatkalla – siitä käynnistyi painajainen

    5. 5

      Suomen tunnetuin bordelli pyöri Riihimäellä – rattohotelli Bonanzan henkilökunnalla suora ohje lapsiperheiden varalle

    6. 6

      IS seurasi tapahtumien etenemistä: Terrori-isku parlamentin luona Lontoossa – 4 kuoli

    7. 7

      Teinityttö julkaisi hervottoman kuvaparin äidistään kostean illanvieton jälkeen – kiusallinen kuva villitsee somessa: ”Lauantai ja sunnuntai”

    8. 8

      Tiesitkö? Helsingissä asuu yksi kaikkein aikojen menestyneimmän heviyhtyeen kitaristi – rakastui suomalaiseen Mariaan, elää nyt lapsiperheen arkea Suomessa

    9. 9

      Vihreä Nissan lepää kyljellään Tornion keskustassa – poliisi kertoo, miksi ei puutu tapaukseen

    10. 10

      Pilvi Hämäläiselle kävi hillitön asumoka – saapui Jussi-gaalaan Aina Inkerin polvisukissa: ”En muistanut, että mulla on halkio”

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      HS: Kahvi uhkaa loppua maailmasta, tilanne dramaattisen vakava – myös Suomen Paulig on huolissaan

    2. 2

      Yön uutiset: Katso mitä tapahtui, kun nukuit

    3. 3

      Teinitytöt legginseissä käännytettiin lähtöportilla, somemyrsky nousi USA:ssa – huippumalli Chrissy Teigen: ”Olen lentänyt ilman housuja”

    4. 4

      ”Maailman turvallisin” kolikko otetaan tänään käyttöön – siihen on piilotettu salainen ominaisuus

    5. 5

      Australiassa aavemainen tunnelma, syklonin tuhovoima tuntuu jo – ”Aivan kuin tavarajunia tulisi läpi vasemmalta ja oikealta”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Bikinipöksyt kokevat tänä kesänä muodonmuutoksen – pukisitko itse yllesi?

    2. 2

      Vihreä Nissan lepää kyljellään Tornion keskustassa – poliisi kertoo, miksi ei puutu tapaukseen

    3. 3

      Salainen laatuvirhe paljastui omakotitalosta – lattiakaivon hinnaksi tuli lähes 40 000 euroa

    4. 4

      "Ei kai alapää ole hygieenisempi?" – julkisessa saunassa sattunut tapaus kuohuttaa taas HS:n mielipideosastossa

    5. 5

      Tässäkö Suomen raskaimmat ja stressaavimmat työt? Katso 30 ammatin lista

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Merkel tyrmistyi ”hävyttömästä” tempusta – Trump ojensi 350 miljardin laskun

    2. 2

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    3. 3

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    4. 4

      Teinityttö tervehti tuntematonta miestä koulumatkalla – siitä käynnistyi painajainen

    5. 5

      Suomen tunnetuin bordelli pyöri Riihimäellä – rattohotelli Bonanzan henkilökunnalla suora ohje lapsiperheiden varalle

    6. Näytä lisää