Digitoday

Valikko

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Julkaistu: , Päivitetty:

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Mies raiskasi 13-vuotiaan parkkihallissa Keravalla – samalla tekijällä useita lapsia uhreinaan

    2. 2

      Tällainen oli Tammisaaressa murhattu nuori nainen – kirjoitti blogissaan avoimesti myös suhteesta epäiltyyn

    3. 3

      Eronnut Aku Hirviniemi Huomenta Suomessa: latasi Tinderin ja teki heti kiusallisen mokan

    4. 4

      Kommentti: Suomalaisten kukkaroissa kytee ikävä yllätys – miksi poliitikot vaikenevat?

    5. 5

      Katri Sorsalta avoin selostus ja kuva seksielämästään: ”Paikka, missä mieheni kanssa rakastelen”

    6. 6

      Poliisi julkaisi varoittavan kuvan juhannusliikenteeseen lähtijöille: ”Olkaa ainakin varovaisempia kuin nämä”

    7. 7

      Nakupöksyt ovat seuraavat hittihousut – pukisitko?

    8. 8

      Jättilainoja on yhä useammalla – ylitätkö tämän rajan?

    9. 9

      Helleaalto lähestyy Suomea – loppukuusta jopa +30 astetta?

    10. 10

      Karmiva teoria 6-vuotiaan kolariuhrin mystisestä humalasta: alkoholia pistettiin ruiskulla ruumiiseen?

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Kotihälytyskeikalla odotti näky, joka riipaisi jopa vanhan sosiaalityöntekijän sydäntä – viranomaiset vetoavat juhannusjuhlijoihin

    2. 2

      Nuoren naisen surma järkyttää Tammisaaressa – murhaepäiltyä kuvataan hiljaiseksi ja rauhalliseksi

    3. 3

      Lotta Näkyvä selittää rohkeita somekuviaan – kiusallisia kömmähdyksiä julkisilla paikoilla: ”Välillä unohdan laittaa pikkuhousut”

    4. 4

      Tammisaaren murhasta epäillään menestynyttä junioriurheilijaa – rikkoi urallaan SE:n ja pelasi Suomen maajoukkueessa

    5. 5

      Näin puhelu +44-alkuisesta mysteerinumerosta eteni – soittaja halusi tietää omaisuuksista

    6. 6

      SS: Varo tätä puhelua – Suomeen salaperäisiä soittoja +44-numerosta

    7. 7

      13-vuotiaat Kalle ja Konsta perustivat puusepänliikkeen – trendisängystä tuli hitti ympäri Suomen

    8. 8

      Tästä eivät shortsit pienene: Teinitähti viiletti ostoksilla peppu vilkkuen – äiti kauhistui paljastelusta

    9. 9

      Tienaa lapsuutesi leluilla! 7 suosikkilelua, joista keräilijät maksavat hunajaa

    10. 10

      Tällainen oli Tammisaaressa murhattu nuori nainen – kirjoitti blogissaan avoimesti myös suhteesta epäiltyyn

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Lentoemännän yksinkertainen vessakikka toimii yhtä varmasti myös kotona

    2. 2

      8 naista kertoo, millaiset seksiehdotukset oikeasti toimivat: ”Se on varma keino”

    3. 3

      Kasperi Kapanen toi kanadalaisrakkaansa Suomeen – 18-vuotias Annika käänsi katseita Kuopion rannoilla pepun paljastavissa bikineissä

    4. 4

      Martina Aitolehden kipujen syy selvisi: Lääkäriltä tyly tuomio – ”Kyyneleethän siinä pääsi”

    5. 5

      Entinen miljonääri luopui kaikesta ja muutti hökkeliin autiolle saarelle – 20 vuotta eikä ole katunut päivääkään

    6. 6

      Hurjasti laihtunut Aku Hirviniemi asteli median eteen ensimmäistä kertaa yli puoleen vuoteen – puhui voinnistaan

    7. 7

      Kotihälytyskeikalla odotti näky, joka riipaisi jopa vanhan sosiaalityöntekijän sydäntä – viranomaiset vetoavat juhannusjuhlijoihin

    8. 8

      Kolmen lapsensa tapon yrityksestä syytetty äiti kirjoitti palon aikana veret seisauttavan Facebook-päivityksen – ”Kukaan ei huomaa...”

    9. 9

      23 asiaa, jotka mullistuvat uudessa alkoholilaissa – kapakoiden aukioloajat, neloskalja kauppoihin...

    10. 10

      Metsämustikoissa voi piillä vaarallinen loinen – onko syytä huoleen?

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Mies raiskasi 13-vuotiaan parkkihallissa Keravalla – samalla tekijällä useita lapsia uhreinaan

    2. 2

      Tällainen oli Tammisaaressa murhattu nuori nainen – kirjoitti blogissaan avoimesti myös suhteesta epäiltyyn

    3. 3

      Eronnut Aku Hirviniemi Huomenta Suomessa: latasi Tinderin ja teki heti kiusallisen mokan

    4. 4

      Kommentti: Suomalaisten kukkaroissa kytee ikävä yllätys – miksi poliitikot vaikenevat?

    5. 5

      Katri Sorsalta avoin selostus ja kuva seksielämästään: ”Paikka, missä mieheni kanssa rakastelen”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Kotihälytyskeikalla odotti näky, joka riipaisi jopa vanhan sosiaalityöntekijän sydäntä – viranomaiset vetoavat juhannusjuhlijoihin

    2. 2

      Nuoren naisen surma järkyttää Tammisaaressa – murhaepäiltyä kuvataan hiljaiseksi ja rauhalliseksi

    3. 3

      Lotta Näkyvä selittää rohkeita somekuviaan – kiusallisia kömmähdyksiä julkisilla paikoilla: ”Välillä unohdan laittaa pikkuhousut”

    4. 4

      Tammisaaren murhasta epäillään menestynyttä junioriurheilijaa – rikkoi urallaan SE:n ja pelasi Suomen maajoukkueessa

    5. 5

      Näin puhelu +44-alkuisesta mysteerinumerosta eteni – soittaja halusi tietää omaisuuksista

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Lentoemännän yksinkertainen vessakikka toimii yhtä varmasti myös kotona

    2. 2

      8 naista kertoo, millaiset seksiehdotukset oikeasti toimivat: ”Se on varma keino”

    3. 3

      Kasperi Kapanen toi kanadalaisrakkaansa Suomeen – 18-vuotias Annika käänsi katseita Kuopion rannoilla pepun paljastavissa bikineissä

    4. 4

      Martina Aitolehden kipujen syy selvisi: Lääkäriltä tyly tuomio – ”Kyyneleethän siinä pääsi”

    5. 5

      Entinen miljonääri luopui kaikesta ja muutti hökkeliin autiolle saarelle – 20 vuotta eikä ole katunut päivääkään

    6. Näytä lisää