Digitoday

Valikko

Väitöstutkimuksesta apuja biolääketieteen tekstien louhinnan kehittämiseen

Julkaistu: , Päivitetty:

Biolääketieteellisen tekstin louhintaa käsittelevä väitöskirjatutkimus synnytti uusia louhinnan menetelmiä mahdollistavan tekstikokoelmaresurssin, jota on käytetty jo usean kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.
FM Sampo Pyysalon väitöstyössä on arvioitu ja kehitetty menetelmiä ja resursseja tiedon louhintaan biolääketieteellisistä julkaisuista käyttäen luonnollisen kielen jäsentämisen ja koneoppimisen menetelmiä.

Elämän mahdollistavat biologiset prosessit muodostavat monimutkaisimmat tuntemistamme järjestelmistä: esimerkiksi ihmisen yli 20.000 geenin tuottamien proteiinien välillä on satoja tuhansia vuorovaikutussuhteita.

PubMed: 20 miljoonaa artikkelia
- ja kasvaa 2000:lla päivässä

Näiden järjestelmien ymmärtäminen on yksi nykybiologian keskeisistä haasteista, mutta aihetta käsittelevien tieteellisten artikkelien määrä tekee tiedon koostamisen ihmisvoimin mahdottomaksi: biolääketieteen keskeinen kirjallisuustietokanta PubMed käsittää lähes 20 miljoonaa artikkelia ja kasvaa päivittäin lähes kahdella tuhannella uudella julkaisulla.

Viimeisen vuosikymmenen aikana tähän informaatiotulvaan on pyritty vastaamaan automatisoimalla biolääketieteellisten artikkelien lukeminen ja "ymmärtäminen".

Näiden pääosin sanomalehtitekstille kehitettyjen menetelmien soveltaminen biolääketieteellisen tekstin käsittelyyn mahdollistaa merkittävästi aikaisempaa tehokkaamman tavan käsitellä alan tieteellisiä julkaisuja ja voi mullistaa mm. proteiinien välisiä suhteita käsittelevän tiedon koostamisen.

Näin voidaan edistää biologisten järjestelmien ymmärtämistä ja tarjota uusia mahdollisuuksia mm. lääkekehitystyölle.

Lauseiden rakenteen automaattisesti tunnistavat ohjelmat, jäsentimet, ovat keskeinen työkalu tekstin automaattisessa käsittelyssä.

Kehitetty resurssi mahdollistaa
menetelmien vertailun

Pyysalon työssä on tutkittu usean suositun jäsentimen toimivuutta ja tunnistettu ongelma-alueita uutistekstille kehitettyjen menetelmien soveltuvuudessa bioalan julkaisuille.  

Vastauksena alan erikoissanaston haasteisiin tutkimuksessa toteutettiin ja arvioitiin automaattisia jäsentimien sanaston laajennusmenetelmiä, joiden osoitettiin mahdollistavan merkittävästi tarkempi ja tehokkaampi biologisen tieteellisen tekstin jäsentäminen.

Jäsentämisen lisäksi tutkimustyössä on ollut merkittävässä asemassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan mahdollistavien resurssien kehittäminen.

Kohteena olevan alan tekstien kokoelma johon on merkitty lauseiden rakenne sekä louhinnan kohteena oleva tieto on edellytys menetelmien arvioimiselle ja kehittämiselle sekä koneoppimiseen perustuvien menetelmien käytölle.  

Osana tutkimusta Turun Yliopiston bioinformatiikan laboratoriossa kehitettiin tällainen tekstikokoelma, jonka keskeisenä merkinnän kohteena ovat tekstien sisältämät proteiinien välisiä suhteita koskevat väitteet.

Tämän noin 15 työkuukauden tekstin merkintätyön tuloksena syntynyt resurssi, BioInfer, on vapaasti saatavilla. Tämä mahdollistaa eri projekteissa kehitettyjen menetelmien vertailtavuuden.  

Osana Pyysalon tutkimusta tehty saatavilla olevien alan tekstikokoelmien vertailu osoittaa että kehitetty kokoelma on tekstin louhintaa tukevien merkintöjensä tarkkuudessa ainutlaatuinen, ja kokoelma on ollut käytössä jo useassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.

Sampo Pyysalon väitöskirja "A Dependency Parsing Approach to Biomedical Text Mining"  (Biolääketieteellisen tekstin louhinta riippuvuuskielioppien avulla) esitetään tarkastettavaksi Turun ICT-talolla lauantaina 6. syyskuuta. Virallisena vastaväittäjänä toimii professori Jun'ichi Tsujii Tokion yliopistosta ja kustoksena professori Tapio Salakoski.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Ratapölkyn haju paljasti omakotitalosta ikävän yllätyksen –myyjä joutuu palauttamaan 202000 euroa

    2. 2

      Näin perunat keitetään oikein – yksi virhe saa ruoka-ammattilaiselta täystyrmäyksen

    3. 3

      Huutokauppakeisari vinkkaa: 3 yllättävää esinettä, jotka ovat todellisia rahasampoja

    4. 4

      Ulkomaalaiset halutaan ulos Venäjän liigasta – Vladimir Putin tukee radikaalia ehdotusta

    5. 5

      Samu Haber tuhlasi viimeiset rahansa ökyautoon: ”Pitää näyttää, että menestyn”

    6. 6

      Tuusulassa erikoinen tuomio – kuollut nainen sai vankeusrangaistuksen: ”Eihän se hyvältä näytä”

    7. 7

      Ali pelasti naisen hengen Turussa – piteli puukottajaa toisella kädellä, soitti toisella hätänumeroon

    8. 8

      Liki 60-vuotias sihteeri löysi piilotyöpaikan – viisi vinkkiä täsmähakuun

    9. 9

      Yle näyttää suomalaisen K18-elokuvan – Marianne Träskman esiintyi elokuvassa teini-ikäisenä ja kertoo nyt eroottisista kohukohtauksista

    10. 10

      Kalervo Kummolalla selvä näkemys Jokerien ja SM-liigan väliseen kiistaan

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Yle näyttää suomalaisen K18-elokuvan – Marianne Träskman esiintyi elokuvassa teini-ikäisenä ja kertoo nyt eroottisista kohukohtauksista

    2. 2

      Trumpilta hämmentävä viesti Israelin holokaustimuseon vieraskirjaan

    3. 3

      Jussi Halla-aholla on 1,5-vuotias avioton lapsi: ”Pitää paikkansa”

    4. 4

      Näin perunat keitetään oikein – yksi virhe saa ruoka-ammattilaiselta täystyrmäyksen

    5. 5

      Ariana Grandelta koskettava ele: Haluaa maksaa Manchesterin iskun uhrien hautajaiset

    6. 6

      Huutokauppakeisari vinkkaa: 3 yllättävää esinettä, jotka ovat todellisia rahasampoja

    7. 7

      Myyntimies pyöritti kahdeksaa tyttöystävää vaimon selän takana – yksityisetsivä paljasti touhut

    8. 8

      Ali pelasti naisen hengen Turussa – piteli puukottajaa toisella kädellä, soitti toisella hätänumeroon

    9. 9

      Eevi Teittinen julkaisi ensimmäisen yhteiskuvan Teemu-rakkaansa kanssa – fitnesskaunottaren iltapuvusta pilkottaa kurkistusaukko

    10. 10

      Samu Haber tuhlasi viimeiset rahansa ökyautoon: ”Pitää näyttää, että menestyn”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      IS seuraa hetki hetkeltä: Ainakin 22 kuoli Manchesterin iskussa – epäilty tallentui valvontakameraan

    2. 2

      Vain harva tajusi: prinsessa Dianan käsilaukulla oli salainen tarkoitus – hämäsi valokuvaajia ovelalla kikalla

    3. 3

      Sami Hedbergin fanit raivostuivat jäähallikeikan jälkeen – ”P**ka maku jäi tästä”

    4. 4

      Elastisen 220 neliön merenrantatalosta repesi oikeusriita – kovia syytöksiä Lauri Ylösen firmalta

    5. 5

      Kaksi ruoka-ainetta karsimalla suoliston kunto voi parantua jo muutamassa viikossa

    6. 6

      Kätilöt paljastavat hulluimmat synnytyksensä: ”Äiti yritti saada orgasmin joka supistuksella”

    7. 7

      Varo nopeasti leviävää Facebook-virusta! Tarkista tilisi, saatat jakaa huijauslinkkejä tietämättäsi

    8. 8

      Yksinäinen 12-vuotias tyttö etsi ystävää Facebookista – ensitapaamisesta tuli kauhukokemus

    9. 9

      Kulmat minttiin ja verkkarit pyllyyn – aikuinen nainen testasi teinityttöjen suosikkityylin

    10. 10

      Tämä on suurin virhe, jonka voi tehdä lentokentän turvatarkastuksessa: ”Siihen ei kannata ryhtyä, edes leikillä”

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Ratapölkyn haju paljasti omakotitalosta ikävän yllätyksen –myyjä joutuu palauttamaan 202000 euroa

    2. 2

      Näin perunat keitetään oikein – yksi virhe saa ruoka-ammattilaiselta täystyrmäyksen

    3. 3

      Huutokauppakeisari vinkkaa: 3 yllättävää esinettä, jotka ovat todellisia rahasampoja

    4. 4

      Ulkomaalaiset halutaan ulos Venäjän liigasta – Vladimir Putin tukee radikaalia ehdotusta

    5. 5

      Samu Haber tuhlasi viimeiset rahansa ökyautoon: ”Pitää näyttää, että menestyn”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Yle näyttää suomalaisen K18-elokuvan – Marianne Träskman esiintyi elokuvassa teini-ikäisenä ja kertoo nyt eroottisista kohukohtauksista

    2. 2

      Trumpilta hämmentävä viesti Israelin holokaustimuseon vieraskirjaan

    3. 3

      Jussi Halla-aholla on 1,5-vuotias avioton lapsi: ”Pitää paikkansa”

    4. 4

      Näin perunat keitetään oikein – yksi virhe saa ruoka-ammattilaiselta täystyrmäyksen

    5. 5

      Ariana Grandelta koskettava ele: Haluaa maksaa Manchesterin iskun uhrien hautajaiset

    6. Näytä lisää
    1. 1

      IS seuraa hetki hetkeltä: Ainakin 22 kuoli Manchesterin iskussa – epäilty tallentui valvontakameraan

    2. 2

      Vain harva tajusi: prinsessa Dianan käsilaukulla oli salainen tarkoitus – hämäsi valokuvaajia ovelalla kikalla

    3. 3

      Sami Hedbergin fanit raivostuivat jäähallikeikan jälkeen – ”P**ka maku jäi tästä”

    4. 4

      Elastisen 220 neliön merenrantatalosta repesi oikeusriita – kovia syytöksiä Lauri Ylösen firmalta

    5. 5

      Kaksi ruoka-ainetta karsimalla suoliston kunto voi parantua jo muutamassa viikossa

    6. Näytä lisää