Digitoday

Väitöstutkimuksesta apuja biolääketieteen tekstien louhinnan kehittämiseen

Julkaistu: , Päivitetty:

Biolääketieteellisen tekstin louhintaa käsittelevä väitöskirjatutkimus synnytti uusia louhinnan menetelmiä mahdollistavan tekstikokoelmaresurssin, jota on käytetty jo usean kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.
FM Sampo Pyysalon väitöstyössä on arvioitu ja kehitetty menetelmiä ja resursseja tiedon louhintaan biolääketieteellisistä julkaisuista käyttäen luonnollisen kielen jäsentämisen ja koneoppimisen menetelmiä.

Elämän mahdollistavat biologiset prosessit muodostavat monimutkaisimmat tuntemistamme järjestelmistä: esimerkiksi ihmisen yli 20.000 geenin tuottamien proteiinien välillä on satoja tuhansia vuorovaikutussuhteita.

PubMed: 20 miljoonaa artikkelia
- ja kasvaa 2000:lla päivässä

Näiden järjestelmien ymmärtäminen on yksi nykybiologian keskeisistä haasteista, mutta aihetta käsittelevien tieteellisten artikkelien määrä tekee tiedon koostamisen ihmisvoimin mahdottomaksi: biolääketieteen keskeinen kirjallisuustietokanta PubMed käsittää lähes 20 miljoonaa artikkelia ja kasvaa päivittäin lähes kahdella tuhannella uudella julkaisulla.

Viimeisen vuosikymmenen aikana tähän informaatiotulvaan on pyritty vastaamaan automatisoimalla biolääketieteellisten artikkelien lukeminen ja "ymmärtäminen".
MAINOS (TEKSTI JATKUU ALLA)
MAINOS PÄÄTTYY

Näiden pääosin sanomalehtitekstille kehitettyjen menetelmien soveltaminen biolääketieteellisen tekstin käsittelyyn mahdollistaa merkittävästi aikaisempaa tehokkaamman tavan käsitellä alan tieteellisiä julkaisuja ja voi mullistaa mm. proteiinien välisiä suhteita käsittelevän tiedon koostamisen.

Näin voidaan edistää biologisten järjestelmien ymmärtämistä ja tarjota uusia mahdollisuuksia mm. lääkekehitystyölle.

Lauseiden rakenteen automaattisesti tunnistavat ohjelmat, jäsentimet, ovat keskeinen työkalu tekstin automaattisessa käsittelyssä.

Kehitetty resurssi mahdollistaa
menetelmien vertailun

Pyysalon työssä on tutkittu usean suositun jäsentimen toimivuutta ja tunnistettu ongelma-alueita uutistekstille kehitettyjen menetelmien soveltuvuudessa bioalan julkaisuille.  

Vastauksena alan erikoissanaston haasteisiin tutkimuksessa toteutettiin ja arvioitiin automaattisia jäsentimien sanaston laajennusmenetelmiä, joiden osoitettiin mahdollistavan merkittävästi tarkempi ja tehokkaampi biologisen tieteellisen tekstin jäsentäminen.

Jäsentämisen lisäksi tutkimustyössä on ollut merkittävässä asemassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan mahdollistavien resurssien kehittäminen.

Kohteena olevan alan tekstien kokoelma johon on merkitty lauseiden rakenne sekä louhinnan kohteena oleva tieto on edellytys menetelmien arvioimiselle ja kehittämiselle sekä koneoppimiseen perustuvien menetelmien käytölle.  

Osana tutkimusta Turun Yliopiston bioinformatiikan laboratoriossa kehitettiin tällainen tekstikokoelma, jonka keskeisenä merkinnän kohteena ovat tekstien sisältämät proteiinien välisiä suhteita koskevat väitteet.

Tämän noin 15 työkuukauden tekstin merkintätyön tuloksena syntynyt resurssi, BioInfer, on vapaasti saatavilla. Tämä mahdollistaa eri projekteissa kehitettyjen menetelmien vertailtavuuden.  

Osana Pyysalon tutkimusta tehty saatavilla olevien alan tekstikokoelmien vertailu osoittaa että kehitetty kokoelma on tekstin louhintaa tukevien merkintöjensä tarkkuudessa ainutlaatuinen, ja kokoelma on ollut käytössä jo useassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.

Sampo Pyysalon väitöskirja "A Dependency Parsing Approach to Biomedical Text Mining"  (Biolääketieteellisen tekstin louhinta riippuvuuskielioppien avulla) esitetään tarkastettavaksi Turun ICT-talolla lauantaina 6. syyskuuta. Virallisena vastaväittäjänä toimii professori Jun'ichi Tsujii Tokion yliopistosta ja kustoksena professori Tapio Salakoski.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Tällainen on Raahen epäilty kaksoissurmaaja: ”Hän ei ollut ihan tavallinen kaveri”

    2. 2

      Ivanka Trump jäi kiinni nolosta mokasta vauvakuvassaan – kuvankaunis malli sivalsi ovelasti: Some räjähti

    3. 3

      Kuvat: Pariskunta remontoi 360 euron mörskästä upean miljoonakämpän

    4. 4

      Tylyt oharit Napakympissä – Joni, 26, kertoo nyt katoamisensa taustoista: Pyytää anteeksi neiti X:ltä

    5. 5

      Suomalaiselle duunarille tarjotaan Norjassa lähtöpalkaksi 3500 €/kk – ”Kyllä siellä säästöönkin pystyy rahaa saamaan”

    6. 6

      Jari Sillanpään ainutlaatuinen show häkellytti – katsojat shokissa: ”Voiko tuollaiseen valmistautua”

    7. 7

      Brittinainen murhattiin raa’asti kesken melontaretken Brasiliassa – kyläläinen kertoo järkyttävistä viimeisistä hetkistä

    8. 8

      Nainen pudotti 160 kiloa ja suuntasi rannalle – rohkea kuva muuttuneesta kehosta on vahva viesti kiusaajille

    9. 9

      Ohikulkija teki järkyttävän havainnon Hernesaarenrannassa: ”Toivoin, että tämä olisi jonkinlainen vitsi”

    10. 10

      Video: Isis oli mestaamassa vankejaan – ohjuksin varustettu lennokki teki operaatiosta nopeasti lopun

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Järkyttävä yllätys Napakympin kulisseissa: miesseuralainen katosi jäljettömiin – Neiti X lähti voittomatkalle yksin

    2. 2

      Yli sadan ammatin tulot julki – saatko näin paljon tuntipalkkaa?

    3. 3

      Napakymppi palasi ruutuun: Kiivas some-keskustelu räjähti – Jaana Pelkosen kuittaus huvittaa

    4. 4

      Kim Jong-un haukkui Trumpia ennen­kuulumattoman rajusti – lue sanasta sanaan: ”Taltutan höppänän tulella”

    5. 5

      5 tosieksperttien siivouskikkaa – puhdista rumat laattojen saumat ja pinttyneet kattilat hetkessä

    6. 6

      Napakympin kadoksissa ollut herra A löytyi myöhään torstai-iltana – neiti X:lle tehdyt oharit voivat johtaa sanktioihin

    7. 7

      Jaakko aloitti aktiivisen työn välttelyn yli 15 vuotta sitten: ”En ole katunut hetkeäkään”

    8. 8

      Tylyt oharit Napakympissä – Joni, 26, kertoo nyt katoamisensa taustoista: Pyytää anteeksi neiti X:ltä

    9. 9

      Yleisön reaktio NHL-pelissä sai Sauli Niinistön suun leveään hymyyn – presidentti IS:lle: ”Se oli aika yllättävää”

    10. 10

      Hyvinkään ABC:n katto tuhoutui täysin rajussa tulipalossa

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Tv-juontajalle kävi äärimmäisen kiusallinen moka minihameessa – suora lähetys yllätti katsojat: Kuvat leviävät

    2. 2

      Ruotsalainen Natasha, 24, hämmästyttää äärimmäisellä muodonmuutoksellaan – vanhemmat eivät hyväksy tyttärensä kauneusleikkauksia

    3. 3

      Emma otti loukkaantuneen eläimen kiinni – ymmärsi vasta sitten: ”Herranjumala, eihän se olekaan mikään koira”

    4. 4

      Kaksi tavallista naista testasi kohutun Lidl-malliston kiinnostavimmat vaatteet – tältä ne oikeasti näyttävät

    5. 5

      Järkyttävä yllätys Napakympin kulisseissa: miesseuralainen katosi jäljettömiin – Neiti X lähti voittomatkalle yksin

    6. 6

      Mervi Tapola sairastui syöpään – ei voida parantaa: ”Järkytys oli hirvittävä”

    7. 7

      Trafi aloittaa kampanjoinnin ylihuomenna: Kärkenä dieselautoilijalle luvassa oleva 17000 euron verolasku

    8. 8

      Huutokauppakeisari myi 90-luvun muumimukin suurella summalla – löytyykö sinulta tämä harvinaisuus?

    9. 9

      Lähipiiri kertoo Sillanpään huumeidenkäytöstä: ”Jarille arki voi tuntua putoamiselta rotkoon”

    10. 10

      Entisen teinitähden tv-esiintyminen järkytti katsojia – luurangonlaiha laulaja kuin varjo entisestä: huumetesti paljasti karmivan totuuden

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Tällainen on Raahen epäilty kaksoissurmaaja: ”Hän ei ollut ihan tavallinen kaveri”

    2. 2

      Ivanka Trump jäi kiinni nolosta mokasta vauvakuvassaan – kuvankaunis malli sivalsi ovelasti: Some räjähti

    3. 3

      Kuvat: Pariskunta remontoi 360 euron mörskästä upean miljoonakämpän

    4. 4

      Tylyt oharit Napakympissä – Joni, 26, kertoo nyt katoamisensa taustoista: Pyytää anteeksi neiti X:ltä

    5. 5

      Suomalaiselle duunarille tarjotaan Norjassa lähtöpalkaksi 3500 €/kk – ”Kyllä siellä säästöönkin pystyy rahaa saamaan”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Järkyttävä yllätys Napakympin kulisseissa: miesseuralainen katosi jäljettömiin – Neiti X lähti voittomatkalle yksin

    2. 2

      Yli sadan ammatin tulot julki – saatko näin paljon tuntipalkkaa?

    3. 3

      Napakymppi palasi ruutuun: Kiivas some-keskustelu räjähti – Jaana Pelkosen kuittaus huvittaa

    4. 4

      Kim Jong-un haukkui Trumpia ennen­kuulumattoman rajusti – lue sanasta sanaan: ”Taltutan höppänän tulella”

    5. 5

      5 tosieksperttien siivouskikkaa – puhdista rumat laattojen saumat ja pinttyneet kattilat hetkessä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Tv-juontajalle kävi äärimmäisen kiusallinen moka minihameessa – suora lähetys yllätti katsojat: Kuvat leviävät

    2. 2

      Ruotsalainen Natasha, 24, hämmästyttää äärimmäisellä muodonmuutoksellaan – vanhemmat eivät hyväksy tyttärensä kauneusleikkauksia

    3. 3

      Emma otti loukkaantuneen eläimen kiinni – ymmärsi vasta sitten: ”Herranjumala, eihän se olekaan mikään koira”

    4. 4

      Kaksi tavallista naista testasi kohutun Lidl-malliston kiinnostavimmat vaatteet – tältä ne oikeasti näyttävät

    5. 5

      Järkyttävä yllätys Napakympin kulisseissa: miesseuralainen katosi jäljettömiin – Neiti X lähti voittomatkalle yksin

    6. Näytä lisää