Digitoday

Valikko

Kahden mantereen suurteholaskennat iskevät aidsia vastaan

Eurooppalainen suurteholaskennan infrastruktuuri DEISA ja GridAustralia ovat yhdistäneet infrastruktuurinsa ja testaavat yhteistyössä lääkeaineita ihmisen immuunikatoviruksen (HIV) mutaatioita vastaan.
Simulaatiot on hajautettu kummallekin mantereelle. CSC on yksi yhdestätoista eurooppalaisesta supertietokonekeskuksesta, jotka tarjoavat resursseja DEISA-infrastruktuurille.

Aidsiin on sairastunut yli 40 miljoonaa ihmistä maailmassa. Lääkeaineilla pystytään sitomaan kriittisiä virusentsyymejä ja laskemaan potilaan hiv-virusmäärää. Aidsia aiheuttava immuunikatovirus kykenee muuntumaan uuteen muotoon hyvin lyhyessä ajassa.

Syntynyt mutaatio on vastustuskykyinen hoidossa aiemmin käytetylle lääkitykselle. Oikea uusi vasta-aine on löydettävä nopeasti, jotta virus ei pysty kehittämään vastustuskykyä myös muihin lääkeaineisiin.

Michael Kuiper VPAC-tutkimuslaitoksesta kertoo, että simulaatiot on suunniteltu laskemaan lääkemolekyylin sitoutumisvuorovaikutusenergiat hiv-proteaasin aktiivisessa sitoutumiskohdassa. Kehitystyö on edelleen käynnissä ja tekniikan avulla pyritään määrittämään tarkat arviot antiviruslääkeaineiden tehokkuudesta erilaisia HIV-mutaatiokantoja vastaan.

Lääkeaineiden sitoutumisvuorovaikutuksia selvitettäessä lääkeaineen ja hiv-mutaatioentsyymin vuorovaikutuksesta tehdään molekyylidynaaminen simulaatio, jossa kartoitetaan lääkeaineen ja hiv-proteaasikannan vuorovaikutuksen keskimääräinen energia. Tarvitut suuret määrät laskutoimituksia sopivat hyvin hajautettuun laskentaan.

Ratkaisun löytämiseen kuluvaa aikaa voidaan merkittävästi lyhentää käyttämällä samaan aikaan useita supertietokoneita suurteholaskenta-gridissä. Laskemisessa on mahdollista hyödyntää useita erilaisia gridejä, jos riittävä yhteistoimintataso on saavutettu.

DEISA ja GridAustralia -infrastruktuurien väliohjelmistot eivät sovi nykyisissä versioissaan yhteen. DEISAlla on käytössä väliohjelmisto UNICORE 5 ja GridAustralialla Globus Tool Kit, mutta kumpikin infrastruktuuri hoitaa datasiirron GridFTP:n kautta, joka toimii kummassakin ohjelmistossa. Infrastruktuurien yhteistyön toimivuus todennettiin ensimmäistä kertaa SuperComputing 07 konferenssin (Reno, USA) yhteydessä tehdyissä mallitesteissä marraskuussa 2007.

Australian Research Group tarjosi syöttötiedot lääkesimulaatioita varten GridAustralian tallennuspalvelimelle. Työsarjat lähetettiin suoritettavaksi DEISAn ja GridAustralian järjestelmiin käyttöliittymän kautta (DEISAlla DESHL ja GridAustralialla Globus WS-Gram). Syöttötiedot siirtyvät automaattisesti GridFTP:n avulla työstä vastaavaan DEISAn tai GridAustralian suorituspaikkaan Euroopassa tai Australiassa.

Useissa simulaatioissa testataan Amprenavir-lääkeaineen vaikutuksia HIV-kantoihin. Liikeratadata on jälkikäsitelty mittaamaan energiavuorovaikutusta lääkeaineen sekä HIV-kantojen välillä. Simulaation tallennustulokset siirtyvät automaattisesti GridAustralian tallennuspalvelimelle. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun australialaiset ja eurooppalaiset tekevät alalla yhteistyötä.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Merkel tyrmistyi Trumpin ”hävyttömästä” tempusta – ojensi 350 miljardin laskun

    2. 2

      Laskettelulegenda Kalevi ”Häkä” Häkkinen on kuollut

    3. 3

      Albinismia sairastavat kaksostytöt ihastuttavat malleina – poseeraavat nyt yhdessä tumman isosiskonsa kanssa

    4. 4

      KSML: Matti Nykäsen juoni meni mönkään – ei voi ostaa mitaleitaan takaisin

    5. 5

      Sebastian Vettel jälleen vitsikkäällä päällä – pilaili toistamiseen suomalaisten kustannuksella

    6. 6

      Noormarkussa oksanhaarasta pelastettu kissa ei toipunut – ”Se on nyt kissojen taivaassa”

    7. 7

      Samantha Fox keikisteli Nilsiän-keikallaan pikkuruisissa pöksyissä – savolaisilta kaksijakoinen reaktio povipommin show’hun

    8. 8

      Tiesitkö? Helsingissä asuu yksi kaikkein aikojen menestyneimmän heviyhtyeen kitaristi – rakastui suomalaiseen Mariaan, elää nyt lapsiperheen arkea Suomessa

    9. 9

      Juha Perälä sai Hilmalta, 8, rohkean kirjeen – Aamulypsy-juontajan fanit riemastuivat liikuttavasta ehdotuksesta

    10. 10

      Kaksi miestä putosi jään läpi Jyväskylässä – neuvokkaan pilkkijän nopea toiminta pelasti

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Tiesitkö? Helsingissä asuu yksi kaikkein aikojen menestyneimmän heviyhtyeen kitaristi – rakastui suomalaiseen Mariaan, elää nyt lapsiperheen arkea Suomessa

    2. 2

      Iso koira hyökkäsi Mynämäellä – kaatoi omistajan ja raateli Manu-koiran kuoliaaksi: ”Äiti huusi ihan shokissa”

    3. 3

      Neuvostoliiton peitelty säteilyturma paljastui – Tšernobyliakin tuhoisampi onnettomuus salattiin sairastuneilta

    4. 4

      Ilveksen valmentaja luuli pelin ratkenneen – joutui kääntymään pukukopilta takaisin: ”En ymmärrä vieläkään”

    5. 5

      Vettel voitti Australiassa, Bottas parempi suomalainen – IS seurasi Australian GP:tä

    6. 6

      Imatralaisen Pian mies suuntaa Samantha Foxin Nilsiän-keikalle – naiset näreissään: ”Olis hänellä kotonakin joku, joka voisi pitää show’n...”

    7. 7

      Tosi-tv-tähden herttainen perhekuva aiheutti somemyrskyn – 2-vuotiaan tyttären juomapullo herättää närkästystä

    8. 8

      Artistit jäätyvät täysin kesken Bumtsibumin toisen jakson – ”Ei voi olla totta!”

    9. 9

      Kimi Räikköseltä mystinen kommentti

    10. 10

      Sebastian Vettel upeaan voittoon F1-kauden avauksessa! Bottas palkintopallille vahvalla ajolla

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Pesukoneen takaa tuli hirveä haju – huoltomiehen löytö kertoo karua kieltä suomalaisten uusavuttomuudesta

    2. 2

      11 kyytä köllötteli rinteessä – asiantuntija kertoo, kuinka käärmeistä pääsee eroon: ”Se ei tule ikinä takaisin”

    3. 3

      Uusi ennuste: Poikkeuksellinen lämpöaalto vyöryy Suomeen – keskimäärin vain noin kolme kertaa sadassa vuodessa

    4. 4

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    5. 5

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    6. 6

      Teinityttö tervehti tuntematonta miestä koulumatkalla – siitä käynnistyi painajainen

    7. 7

      Suomen tunnetuin bordelli pyöri Riihimäellä – rattohotelli Bonanzan henkilökunnalla suora ohje lapsiperheiden varalle

    8. 8

      IS seurasi tapahtumien etenemistä: Terrori-isku parlamentin luona Lontoossa – 4 kuoli

    9. 9

      Teinityttö julkaisi hervottoman kuvaparin äidistään kostean illanvieton jälkeen – kiusallinen kuva villitsee somessa: ”Lauantai ja sunnuntai”

    10. 10

      Pilvi Hämäläiselle kävi hillitön asumoka – saapui Jussi-gaalaan Aina Inkerin polvisukissa: ”En muistanut, että mulla on halkio”

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Merkel tyrmistyi Trumpin ”hävyttömästä” tempusta – ojensi 350 miljardin laskun

    2. 2

      Laskettelulegenda Kalevi ”Häkä” Häkkinen on kuollut

    3. 3

      Albinismia sairastavat kaksostytöt ihastuttavat malleina – poseeraavat nyt yhdessä tumman isosiskonsa kanssa

    4. 4

      KSML: Matti Nykäsen juoni meni mönkään – ei voi ostaa mitaleitaan takaisin

    5. 5

      Sebastian Vettel jälleen vitsikkäällä päällä – pilaili toistamiseen suomalaisten kustannuksella

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Tiesitkö? Helsingissä asuu yksi kaikkein aikojen menestyneimmän heviyhtyeen kitaristi – rakastui suomalaiseen Mariaan, elää nyt lapsiperheen arkea Suomessa

    2. 2

      Iso koira hyökkäsi Mynämäellä – kaatoi omistajan ja raateli Manu-koiran kuoliaaksi: ”Äiti huusi ihan shokissa”

    3. 3

      Neuvostoliiton peitelty säteilyturma paljastui – Tšernobyliakin tuhoisampi onnettomuus salattiin sairastuneilta

    4. 4

      Ilveksen valmentaja luuli pelin ratkenneen – joutui kääntymään pukukopilta takaisin: ”En ymmärrä vieläkään”

    5. 5

      Vettel voitti Australiassa, Bottas parempi suomalainen – IS seurasi Australian GP:tä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Pesukoneen takaa tuli hirveä haju – huoltomiehen löytö kertoo karua kieltä suomalaisten uusavuttomuudesta

    2. 2

      11 kyytä köllötteli rinteessä – asiantuntija kertoo, kuinka käärmeistä pääsee eroon: ”Se ei tule ikinä takaisin”

    3. 3

      Uusi ennuste: Poikkeuksellinen lämpöaalto vyöryy Suomeen – keskimäärin vain noin kolme kertaa sadassa vuodessa

    4. 4

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    5. 5

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    6. Näytä lisää