Digitoday

Valikko

Suomalaissoftalla geenien saloihin

Julkaistu:

Poikkitieteellinen tutkijaryhmä Turun ja Jyväskylän yliopistoista uskoo ratkaisseensa biolääketieteelliseen ja moniulotteiseen kuvantamiseen liittyneen suurongelman kehittämällä uudentyyppisen tietokoneohjelmiston nimeltä BioImageXD.
Ongelmana on ollut se, että kuvantaminen tuottaa valtavia määriä digitaalista informaatiota, jonka käsittely edellyttää erikoistunutta tietokoneohjelmistoa. Tutkijoiden mukaan tarjolla olevat ohjelmistot ovat olleet aivan liian kalliita, toimineet puutteellisesti ja käsitelleet tietoa salaisilla laskentakaavoilla.

Kun ihmisen geenien kartoitustyö saatiin valmiiksi muutama vuosi sitten, alkoi biotieteissä uusi aikakausi. Nyt on selvitettävä, mitä kaikki geenit tekevät. Vain siten voidaan kehittää esimerkiksi tehokkaita hoitoja syöpiin tai uusia nanoteknologian sovelluksia, Jyväskylän yliopisto pohjustaa.

Geenejä ja molekyylejä on kyettävä havainnoimaan niiden luonnollisessa ympäristössä, ja elävien solujen kolmi- ja neliulotteinen kuvantaminen onkin noussut tärkeäksi tutkimusmenetelmäksi.

Ohjelmisto lennättää solun sisälle

BioImageXD on moniulotteisen kuvainformaation analysoimiseen ja visualisoimiseen tarkoitettu ohjelmisto, joka toimii kaikissa yleisimmissä käyttöjärjestelmissä ja jota kehutaan tarkaksi, käyttäjäystävälliseksi ja helposti laajennettavaksi.

Ohjelmiston avulla voidaan esimerkiksi laserskannausmikroskoopilla otetuista kuvista tuottaa elokuva, jossa seurataan viruksen tunkeutumista elävään soluun samalla, kun "lennetään" solun ympärillä ja sisällä. Voidaan myös saada tietokoneen varmistama tieto vaikkapa siitä, mihin kohteeseen solussa virus tunkeutuu.

Kuka tahansa voi ladata BioImageXD:n ilmaiseksi käyttöönsä ja parannella sitä, edellyttäen että jakaa muutoksensa edelleen muille käyttäjille. Periaate on siis sama kuin maailmanmaineeseen nousseen suomalaisen Linux-käyttöjärjestelmän kohdalla, joskin pienemmässä mittakaavassa.

Kovat odotukset

Tutkijaryhmä luottaa ohjelmistonsa päihittävän suuret kaupalliset kilpailijansa ja siten ratkaisemaan yhden nykyajan biolääketieteellisen tutkimuksen suurista ongelmista. BioImageXD:n ensimmäinen versio julkaistiin yleiseen levitykseen eilen.

Jyväskylän yliopiston mukaan suomalaistutkijoilla on nyt mahdollisuus saada tuotteensa maailmanlaajuiseen käyttöön ja aloittaa uusi Linuxin kaltainen "lumipalloefekti". Useat kotimaiset ja ulkomaiset yritykset ovat jo osoittaneet kiinnostuksensa ohjelmistoa kohtaan, näiden joukossa huippuoptiikan kansainvälinen yritys Zeiss.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Huume-Eeva oli Bangkokin ensimmäinen suomalainen naisvanki – ”Nukuin 168 vangin seassa”

    2. 2

      ”Palopuron puuma” Laura, 40, vaihtoi nuupahtaneen liiton 15 vuotta nuorempaan mieheen: ”Seksi on hyvää”

    3. 3

      Katso, oletko rikas vai köyhä – tämän verran keskimääräinen suomalainen omistaa

    4. 4

      Välikohtaus Itämerellä paljastui: Venäläinen sotalaiva lähetti mystisiä radioviestejä, musta helikopteri kaartoi rahtialuksen yli

    5. 5

      Naisen lentomatka muuttui ”painajaiseksi” – kuva erikoisesta tapahtumasarjasta villitsee somessa

    6. 6

      Kommentti: Perussuomalaisten kannattaisi ehdottomasti asettaa oma presidenttiehdokas – tässä painava syy

    7. 7

      Saunareissu päättyi surullisesti leirintäalueella Pöytyällä – iäkäs mies löydettiin hukkuneena

    8. 8

      Apinan ottama selfie pilasi valokuvaajan elämän – masentui ja pohtii nyt työtä koiranulkoiluttajana

    9. 9

      ”Turha yrittää kesyttää” – julkkisnaiset kertovat, miksi eivät aja häpykarvojaan

    10. 10

      Harvinaiset kuvat julki: Tältä näyttää laulajatähti Sia ilman kuuluisaa peruukkiaan – käyskenteli saunanraikkaana Los Angelesissa

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Kansainvälisen uintiliiton julkaisema kuva järkyttää – ”Todella nöyryyttävää, epäkunnioittavaa, skandaali”

    2. 2

      Naisen lentomatka muuttui ”painajaiseksi” – kuva erikoisesta tapahtumasarjasta villitsee somessa

    3. 3

      Kohta rytisee! Ilmatieteen laitos varoittaa rankkasateista ja ukkosesta: ”Voi tulla vähän reippaammin”

    4. 4

      Cheek menetti etuhampaansa – edes hammaslääkäri ei kyennyt paikkaamaan ennen keikkaa: Elastinen julkaisi kuvan seuraamuksista

    5. 5

      Astrid Swanin, 35, rintasyöpä uusiutui ja levisi – sairaus on parantumaton: ”Jätän lapseni taakseni, kun hän vielä tarvitsee minua”

    6. 6

      ”Turha yrittää kesyttää” – julkkisnaiset kertovat, miksi eivät aja häpykarvojaan

    7. 7

      Outo haju kellarissa paljasti – rakennusmestarin virityksistä 120 000 euron jättilasku

    8. 8

      Kuvat Suomen kesästä: Festarivieraat kahlasivat tulvivalla kadulla, tennarit upposivat rakeisiin ja salama halkaisi koivun – ”Aika tälli tuli”

    9. 9

      Pete Parkkosen keikka Tikkurilassa sai huvittavia piirteitä: ”Ei tässä ole mitään järkeä enää!”

    10. 10

      Pasasen perhe kuvasi hätkähdyttävän videon venematkalla – karhu ui vastaan: ”Uskomaton, ainutlaatuinen ja jännittävä tilanne”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Harrastatko sinäkin ”Pirkka-seksiä”? 7 syytä, miksi se on tajuttoman upeaa

    2. 2

      Kansainvälisen uintiliiton julkaisema kuva järkyttää – ”Todella nöyryyttävää, epäkunnioittavaa, skandaali”

    3. 3

      Teemu Selänteen pojat katsoivat ilmaiseksi keikkaa isänsä luksusjahdilta – lavalla esiintyneeltä Reino Nordinilta osuva kuitti aiheesta

    4. 4

      Venäläisturisteja virtaa Suomeen yllättävästä syystä – näitä hamstrataan nyt kaupoista

    5. 5

      Katso: Tulipunainen hellemassa jysähtää pian jopa koko Suomeen – Ilmatieteen laitoksen video näyttää, millainen helle voi alkaa!

    6. 6

      Synkkä juhlailta Salossa – morsian joutui soittamaan poliisin omiin häihinsä

    7. 7

      TMZ: Linkin Parkin solisti Chester Bennington, 41, on kuollut

    8. 8

      Sabina Särkkä narahti uimapukukuvansa muokkaamisesta – kihlatun julkaisu paljasti totuuden: huomaatko eron?

    9. 9

      Nuori nainen lähetti avoimen sairauslomaviestin – pomon reaktio sai itkemään

    10. 10

      8 asiaa, joita pariskunnat tekevät, mutta eivät myönnä sitä – montako kohtaa myönnät?

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Huume-Eeva oli Bangkokin ensimmäinen suomalainen naisvanki – ”Nukuin 168 vangin seassa”

    2. 2

      ”Palopuron puuma” Laura, 40, vaihtoi nuupahtaneen liiton 15 vuotta nuorempaan mieheen: ”Seksi on hyvää”

    3. 3

      Katso, oletko rikas vai köyhä – tämän verran keskimääräinen suomalainen omistaa

    4. 4

      Välikohtaus Itämerellä paljastui: Venäläinen sotalaiva lähetti mystisiä radioviestejä, musta helikopteri kaartoi rahtialuksen yli

    5. 5

      Naisen lentomatka muuttui ”painajaiseksi” – kuva erikoisesta tapahtumasarjasta villitsee somessa

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Kansainvälisen uintiliiton julkaisema kuva järkyttää – ”Todella nöyryyttävää, epäkunnioittavaa, skandaali”

    2. 2

      Naisen lentomatka muuttui ”painajaiseksi” – kuva erikoisesta tapahtumasarjasta villitsee somessa

    3. 3

      Kohta rytisee! Ilmatieteen laitos varoittaa rankkasateista ja ukkosesta: ”Voi tulla vähän reippaammin”

    4. 4

      Cheek menetti etuhampaansa – edes hammaslääkäri ei kyennyt paikkaamaan ennen keikkaa: Elastinen julkaisi kuvan seuraamuksista

    5. 5

      Astrid Swanin, 35, rintasyöpä uusiutui ja levisi – sairaus on parantumaton: ”Jätän lapseni taakseni, kun hän vielä tarvitsee minua”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Harrastatko sinäkin ”Pirkka-seksiä”? 7 syytä, miksi se on tajuttoman upeaa

    2. 2

      Kansainvälisen uintiliiton julkaisema kuva järkyttää – ”Todella nöyryyttävää, epäkunnioittavaa, skandaali”

    3. 3

      Teemu Selänteen pojat katsoivat ilmaiseksi keikkaa isänsä luksusjahdilta – lavalla esiintyneeltä Reino Nordinilta osuva kuitti aiheesta

    4. 4

      Venäläisturisteja virtaa Suomeen yllättävästä syystä – näitä hamstrataan nyt kaupoista

    5. 5

      Katso: Tulipunainen hellemassa jysähtää pian jopa koko Suomeen – Ilmatieteen laitoksen video näyttää, millainen helle voi alkaa!

    6. Näytä lisää