Digitoday

Valikko

Suomalaisohjelma pureutuu geenien mysteereihin

Helsingin yliopiston tutkijat ovat kehittäneet tietokoneohjelman, jonka avulla heidän mukaansa geenien säätelyjärjestelmän tutkimisessa päästään harppaus eteenpäin. Tällä hetkellä tiedemiehet tuntevat vain murto-osan ihmisen perimästä.

EEL-ohjelma (enhancer element locator) etsii genomisesta dna-sekvenssistä alueita, joihin sitoutuu paljon niin sanottuja transkriptiotekijöitä vierekkäin. Transkriptiotekijät ovat dna:han sitoutuvia proteiineja.

Professori Jussi Taipaleen ja akatemiaprofessori Esko Ukkosen johtamassa monitieteellisessä tutkimusryhmässä on tutkittu, millaisiin dna-sekvensseihin nämä transkriptiotekijät sitoutuvat. Jos samoja transkriptiotekijöitä sitova dna-alue löytyy useilta eläinlajeilta, tämä alue toimii todennäköisesti geenien ilmenemisen säätelyelementtinä.

- Geenit ilmentyvät tietyissä soluissa tarkkaan määrätyllä hetkellä, ja tämän säätelyn logiikan selvittäminen on biologinen peruskysymys, joka on vielä vailla vastausta, kertoo Taipale tutkimusryhmän tiedotteessa.

Tutkimusryhmä osoitti, että ennustetut säätelyalueet ohjaavat merkkigeenin ilmentymistä siirtogeenisessä hiiressä, ja he pystyivät ennustamaan säätelyelementtejä genominlaajuisesti useille eläinlajeille.

99 prosenttia tuntematonta

Jo vuodesta 1966 on tunnettu koodi, jolla dna koodaa proteiinien rakennuspalikoita, aminohappoja. Koodin perusteella on pystytty tunnistamaan genomisesta dna-sekvenssistä uusia geenejä ja ennustamaan esimerkiksi ihmisen geenien kokonaismäärää. Tällaista koodaavaa sekvenssiä on perimästämme kuitenkin vain noin yksi prosentti.

Tutkijoiden mukaan tarvitaan uutta tietoa ja uutta "kieliopin" tuntemusta, jotta voidaan selvittää, mitä muita toimintoja ja tehtäviä on lopulla 99 prosentilla genomimme dna-sekvenssistä.

Merkitystä sairauksien tutkimiselle

Taipale ja hänen tutkimusryhmässään Biomedicum Helsingissä työskentelevä tutkija Jaana Hallikas uskovat, että geenien ilmenemisen säätelyä koskeva tutkimus jatkuu vilkkaana.

- Muutokset geenien ilmentymistä säätelevissä elementeissä ovat tärkeitä evoluutiossa, ja on todennäköistä, että ihmisten alttiudet erilaisille sairauksille, muun muassa syövälle, johtuvat usein eroista säätelyelementeissä. Siksi näiden elementtien ja niiden toiminnan ymmärtäminen on erityisen tärkeää, kertovat Taipale ja Hallikas.

Tutkimukseen osallistui molekyylibiologeja, kehitysbiologeja ja tietojenkäsittelyn tutkijoita Helsingin yliopistosta. Projektissa mukana olleet tutkijat kuuluivat kolmeen Suomen Akatemian huippuyksikköön, genomitiedon hyödyntämisen, datasta tietoon sekä kehitysbiologian huippuyksikköön. Tutkimus julkaistaan Cell-tiedelehden 13.1.2006 ilmestyvässä numerossa.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!
    1. 1

      Valvira varoittaa lääkäreitä valepotilaista – ”Vakava vaara”

    2. 2

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    3. 3

      Tiesitkö, missä lentäjät nukkuvat lennoilla?

    4. 4

      Poliisi löysi alastoman vainajan lattialta Keravalla – epäillyn vangitsemis­oikeudenkäynnissä erikoinen episodi

    5. 5

      Reuters: Venäjä siirsi tankkeja aivan Ukrainan rajan tuntumaan

    6. 6

      Syövän voittanut äiti synnytti kaksoset, kuoli seuraavana päivänä

    7. 7

      Yksi Euroopan vaarallisimmista etsintäkuulutetuista jäi kiinni – piilotteli kotiinsa kätketyn bunkkerin salatilassa

    8. 8

      Asiakas hämmästyi Nordean avokonttorissa – kuuli virkailijan ja lainanhakijan yksityiskohtaisen keskustelun

    9. 9

      Au pair -Sanna, 19, tyrmistyy yksinhuoltajaisän kodin törkyisyydestä – keittiön sekasotku on viimeinen niitti: ”Ihan järkyttäviä!”

    10. 10

      HS: Ilmavoimat perusti kaikessa hiljaisuudessa uudet erikoisjoukot

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Teinityttö julkaisi hervottoman kuvaparin äidistään kostean illanvieton jälkeen – kiusallinen kuva villitsee somessa: ”Lauantai ja sunnuntai”

    2. 2

      Tosi-tv-tähdet viettivät vuoden metsässä – eivät tienneet, että sarjan esittäminen oli lopetettu kesken kaiken

    3. 3

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    4. 4

      Antavasti pukeutunut nainen ja kuokka aiheuttivat uskomattoman tapauksen taloyhtiössä – isännöitsijä joutui puuttumaan

    5. 5

      Heikki Paasosen twiitti raivostuttaa somessa – tästä on kyse

    6. 6

      Ei työkokemusta, palkka liki 4 000 euroa – näissä ammateissa saa heti hyvät ansiot

    7. 7

      Kivulias sairaus, josta moni kärsii tietämättään – 12 tyypillisintä oiretta

    8. 8

      Nuori nainen kuoli kesähelteellä kotisohvalle – vainajien asuntoja siivoava Riitta kertoo uransa rankimmasta keikasta

    9. 9

      Siperiasta löydettiin 7000 outoa metaanikuplaa – muuttavat maan hyytelöksi, voivat räjähtää koska tahansa

    10. 10

      Syövän voittanut äiti synnytti kaksoset, kuoli seuraavana päivänä

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Pesukoneen takaa tuli hirveä haju – huoltomiehen löytö kertoo karua kieltä suomalaisten uusavuttomuudesta

    2. 2

      11 kyytä köllötteli rinteessä – asiantuntija kertoo, kuinka käärmeistä pääsee eroon: ”Se ei tule ikinä takaisin”

    3. 3

      Uusi ennuste: Poikkeuksellinen lämpöaalto vyöryy Suomeen – keskimäärin vain noin kolme kertaa sadassa vuodessa

    4. 4

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    5. 5

      Teinityttö tervehti tuntematonta miestä koulumatkalla – siitä käynnistyi painajainen

    6. 6

      IS seurasi tapahtumien etenemistä: Terrori-isku parlamentin luona Lontoossa – 4 kuoli

    7. 7

      Suomen tunnetuin bordelli pyöri Riihimäellä – rattohotelli Bonanzan henkilökunnalla suora ohje lapsiperheiden varalle

    8. 8

      Teinityttö julkaisi hervottoman kuvaparin äidistään kostean illanvieton jälkeen – kiusallinen kuva villitsee somessa: ”Lauantai ja sunnuntai”

    9. 9

      Uusi kansantauti? ”Sairastuneita on Suomessa nyt noin 44 000, ja joka vuosi reilut 2000 sairastuu”

    10. 10

      Prinssi Williamin uudenlainen käytös huolestuttaa kehonkielen asiantuntijaa – jännittyneet välit Catherinen kanssa: ”Kuin temppujaan katuva koira”

    11. Näytä lisää
    Näitä luetaan!
    1. 1

      Valvira varoittaa lääkäreitä valepotilaista – ”Vakava vaara”

    2. 2

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    3. 3

      Tiesitkö, missä lentäjät nukkuvat lennoilla?

    4. 4

      Poliisi löysi alastoman vainajan lattialta Keravalla – epäillyn vangitsemis­oikeudenkäynnissä erikoinen episodi

    5. 5

      Reuters: Venäjä siirsi tankkeja aivan Ukrainan rajan tuntumaan

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Teinityttö julkaisi hervottoman kuvaparin äidistään kostean illanvieton jälkeen – kiusallinen kuva villitsee somessa: ”Lauantai ja sunnuntai”

    2. 2

      Tosi-tv-tähdet viettivät vuoden metsässä – eivät tienneet, että sarjan esittäminen oli lopetettu kesken kaiken

    3. 3

      Nuoren naisen asunnosta levisi karmea haju 48 asunnon taloyhtiöön – löydön puhdistamiseen tarvittiin siirtolava

    4. 4

      Antavasti pukeutunut nainen ja kuokka aiheuttivat uskomattoman tapauksen taloyhtiössä – isännöitsijä joutui puuttumaan

    5. 5

      Heikki Paasosen twiitti raivostuttaa somessa – tästä on kyse

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Pesukoneen takaa tuli hirveä haju – huoltomiehen löytö kertoo karua kieltä suomalaisten uusavuttomuudesta

    2. 2

      11 kyytä köllötteli rinteessä – asiantuntija kertoo, kuinka käärmeistä pääsee eroon: ”Se ei tule ikinä takaisin”

    3. 3

      Uusi ennuste: Poikkeuksellinen lämpöaalto vyöryy Suomeen – keskimäärin vain noin kolme kertaa sadassa vuodessa

    4. 4

      Rovaniemen junan lähtö viivästyi yllättäen – konduktööriltä kylmäävä kuulutus: ”Junassa on vakava henkeä uhkaava tilanne”

    5. 5

      Teinityttö tervehti tuntematonta miestä koulumatkalla – siitä käynnistyi painajainen

    6. Näytä lisää